如何使用pydicom访问DICOMDIR文件中的单个NumPy数组？

Question

我将DICOM与Python和Pydicom库一起使用时，使用.dcm文件没有问题。但是我现在正在使用DICOMDIR数据集。

我的代码是下一个：

ds = dicom.read_file("dicomdir")

我尝试访问以下pixel_array元素：

data = ds.pixel_array

我得到下一个错误： TypeError: No pixel data found in this dataset.

的输出print ds或多或少是下一个：

（0004，1130）文件集ID CS：'GEMS_11_10_111'（0004，1200）第一目录记录UL的偏移量：412（0004，1202）最后目录记录UL的偏移量：412（0004，1212）文件集一致性标志US：0（0004，1220）目录记录序列7项----（0004，1400）下一个目录记录的偏移量UL：0（0004，1410）记录使用中标志US：65535（ 0004，1420）引用的下层Di UL的偏移量：558（0004，1430）目录记录类型CS：'患者'（0008，0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100'（0010，0010）患者姓名PN： '------------------'（0010，0020）患者ID LO：'246992'（0010，0030）患者的出生日期DA：'19630523'（0010，0040）患者性别CS：'F'

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（0004，1400）下一个目录记录的偏移量UL：0（0004，1410）记录使用中标志US：65535（0004，1420）引用的下级Di UL的偏移量：800（0004，1430）目录记录类型CS：'STUDY'（0008，0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100'（0008，0020）研究日期DA：'20111011'（0008，0030）研究时间TM：'151535.000000'（0008，0050）登录号SH：'1009819901'（0008，1030）研究描述LO：'MG CONVENCIONAL'（0020，000d）研究实例UID UI：1.2.840.113564.9.1.2005121220021252.20110608105548.21009819901（0020，0010）研究ID SH：'1009819901'

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（0004，1400）下一个目录记录的偏移量UL：0（0004，1410）记录使用中标志US：65535（0004，1420）引用的下级Di UL的偏移量：968（0004，1430）目录记录类型CS：'SERIES'（0008，0005）特定字符集CS：'ISO_IR 100'（0008，0060）模态CS：'MG'（0008，103e）系列说明LO：'屏幕保护'（0020，000e）系列实例UID UI：1.2.840.113619.2.144.2347322947.2192645372.5（0020，0011）系列号IS：“ 354”

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（0004，1400）下一个目录记录的偏移量UL：1298（0004，1410）记录使用中标志US：65535（0004，1420）引用的下级Di UL的偏移量：0（0004，1430）目录记录类型CS：'IMAGE'（0004，1500）引用的文件ID CS：['DICOM'，'PA1'，'ST1'，'SE1'，'IM1']（0004，1510）在文件UI中引用了SOP类UID：辅助捕获的图像存储（0004，1511）在文件UI中引用了SOP实例UID：1.2.840.113619.2.144.44653394.14990.1318380911.86（0004，1512）在F UI中引用了传输语法UID：显式VR Little Endian（0008，0005）特定字符集CS：“ ISO_IR 100”（0008，0008）图像类型CS：“ DERIVED”（0008，0023）内容日期DA：'20111011'（0008，0033）内容时间TM：'151909.000000'（0020，0013）实例号IS：'8844'（0028，0010）美国行：2298（0028，0011）美国列： 1980（0028，1052）重​​新缩放截距DS：'0'（0028，1053）重新缩放斜率DS：'1'1053）重新调整坡度DS：'1'1053）重新调整坡度DS：'1'

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最后一部分重复四次。我的DICOMDIR数据集中有4张图像。

您知道如何使用Numpy数组访问每个图像的字段吗？

Answer 1

我在Suever的Pydicom用户论坛中收到了一个答案：

DICOMDIR文件不包含任何像素信息，而包含基本标头信息以及数据集中每个文件的路径。为了从每个图像中获取像素数据，您必须遍历dicomdir数据集以获取单个dicom文件的文件路径（相对于当前目录），然后从每个dicom中加载像素数据。文件。

一个简单的方法是（可能有更好的方法）

    ds = dicom.read_file("dicomdir")
    pixel_data = list()
    for record in ds.DirectoryRecordSequence:
        if record.DirectoryRecordType == "IMAGE":
        # Extract the relative path to the DICOM file
            path = os.path.join(*record.ReferencedFileID)
            dcm = dicom.read_file(path)

            # Now get your image data
            pixel_data.append(dcm.pixel_array)

有用 ;）