使用cron安排R脚本

Question

我正在尝试使用cron安排我的R脚本,但它无法正常工作.看来R在cron中找不到包.有人可以帮帮我吗？谢谢.

以下是我的bash脚本

# source  my profile
. /home/winie/.profile
# script.R will load packages
R CMD BATCH /home/script.R 

Answer 1

考虑这些提示

1. 使用Rscript(或更小)而不是 R CMD BATCH

2. 确保cron作业正在运行

3. 确保脚本自行运行

4. 在详细模式下测试几次

我的盒子运行有所可见小红莓通过一个cronjob调用的R脚本(我通过执行利特勒但RSCRIPT应该工作一样好).为此,/etc/crontab我的Ubuntu服务器上的条目是

# every few hours, run cranberries
16 */3 * * *    edd     cd /home/edd/cranberries && ./cranberries.r

所以每隔三个小时过去十六分钟,我的id会运行一个shell命令.它将更改为工作目录,并调用R脚本(具有可执行模式等).

看看这个,我实际上只是运行脚本并setwd()在其中有命令....