无法添加边，IGraph 中的顶点 ID 无效

Question

我试图使用 igraph 在 python 中编写代码，当我尝试使用 while 循环添加边缘时出现此错误

while(i<k)
  g.add_vertices(theInts[i])
  i=i+1
  g.add_edges([(theInts[i-1],theInts[i])])

我认为索引可能是一个问题，所以我还包含了一个 if 语句，但这似乎不是问题。

请帮忙！！！

Answer 1

我认为这一切都取决于g顶点的内容。如果您从空开始g，则只有顶点0，因此如果您尝试add_edges使用两个不同的顶点进行调用，则这是行不通的。您必须添加更多顶点。当然，这一切都取决于您的图表在循环之前的样子以及实际情况i。

您可以使用 显示有关图表的一些简短信息print。例如，

>>> import igraph
>>> graph = igraph.Graph()
>>> print graph
Undirected graph (|V| = 1, |E| = 0)

如果i从 0 开始，那么第一次循环时不会添加任何顶点。因此，当您尝试添加边时，您正在尝试添加到不存在的顶点。

>>> graph.add_vertices(0)
<igraph.Graph object at 0xcea850>
>>> print graph
Undirected graph (|V| = 1, |E| = 0)
>>> graph.add_edges([(0, 1)])
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
igraph.core.InternalError: Error at type_indexededgelist.c:245: cannot add edges, Invalid vertex id

如果这不是问题，请尝试打印边缘并查看它们是否与您想要的相符。

>>> graph.add_vertices(5)
<igraph.Graph object at 0xcea850>
>>> print graph
Undirected graph (|V| = 6, |E| = 3)
>>> graph.add_edges([(1, 1), (2, 3), (3, 5)])
<igraph.Graph object at 0xcea850>
>>> graph.get_edgelist()
[(1, 1), (2, 3), (3, 5)]

另外，拥有完整的 TraceBack 可能会更有帮助。

编辑：根据您的评论

所以你是说你有这样的结构：

>>> graph = igraph.Graph()
>>> print graph
Undirected graph (|V| = 1, |E| = 0)

您只想添加顶点 2 吗？我不确定你能用 igraph 做到这一点。似乎必须按顺序排列每个顶点。您可以检查是否有顶点，然后在必要时添加它们，请记住这些图是从 0 开始的。像这样的东西。

>>> vertices = 1, 2, 13, 4, 21, 5
>>> map_graph = igraph.Graph()
>>> print map_graph
Undirected graph (|V| = 1, |E| = 0)
>>> map_graph.add_vertices(max(vertices))
<igraph.Graph object at 0xceaa50>
>>> print map_graph
Undirected graph (|V| = 22, |E| = 0)
>>> map(map_graph.add_edges, zip(vertices, vertices[1:]))
[<igraph.Graph object at 0xceaa50>, <igraph.Graph object at 0xceaa50>, <igraph.Graph object at 0xceaa50>, <igraph.Graph object at 0xceaa50>, <igraph.Graph object at 0xceaa50>]
>>> print map_graph
Undirected graph (|V| = 22, |E| = 5)
>>> map_graph.get_edgelist()
[(1, 2), (2, 13), (4, 13), (4, 21), (5, 21)]

或者，如果您不喜欢地图，也可以将其循环播放。

>>> vertices = 1, 2, 13, 4, 21, 5
>>> loop_graph = igraph.Graph()
>>> print loop_graph
Undirected graph (|V| = 1, |E| = 0)
>>> loop_graph.add_vertices(max(vertices))
<igraph.Graph object at 0xcea950>
>>> print loop_graph
Undirected graph (|V| = 22, |E| = 0)
>>> for pair in zip(vertices, vertices[1:]):
...     loop_graph.add_edges(pair)
... 
<igraph.Graph object at 0xcea950>
<igraph.Graph object at 0xcea950>
<igraph.Graph object at 0xcea950>
<igraph.Graph object at 0xcea950>
<igraph.Graph object at 0xcea950>
>>> print loop_graph
Undirected graph (|V| = 22, |E| = 5)
>>> loop_graph.get_edgelist()
[(1, 2), (2, 13), (4, 13), (4, 21), (5, 21)]

不过，可能有更好的方法来做到这一点。如果这不是您想要的，请使用更多详细信息和一些实际代码编辑您的原始问题。