搜索所有现有函数以获取包依赖性？

Question

我在学习R时写了一个包,它的依赖列表很长.我试图削减它,因为两种情况:

1. 我切换到其他方法,Suggests根本没有使用所列的软件包.
2. 我的整个包中只有一个函数依赖于给定的依赖项,我想切换到只在需要时加载它的方法.

是否有自动跟踪这两种情况的方法？我可以想到两个粗略的方法(下载所有依赖包中的函数列表,并通过我的包的代码自动进行文本搜索,或者加载包函数而不加载所需的包并执行直到出现错误),但是都没有看起来特别优雅或万无一失......

Answer 1

检查所有函数中的依赖性的一种方法是使用字节编译器，因为它将检查全局工作区中可用的函数，并在找不到所述函数时发出通知。

因此，如果您在任何函数中使用 Zoo 包中的 na.locf 函数作为示例，然后对函数进行字节编译，您将收到如下消息：

Note: no visible global function definition for 'na.locf' 

要正确寻址它以进行字节编译，您必须将其编写为zoo::na.locf

因此，测试库/包中所有 R 函数的快速方法可以执行以下操作（假设您没有使用命名空间编写对其他函数的调用）：

假设带有函数的 R 文件位于 C:\SomeLibrary\ 或其子文件夹中，然后将源文件定义为 C:\SomeLibrary.r 或类似文件，其中包含：

if (!(as.numeric(R.Version()$major) >=2 && as.numeric(R.Version()$minor) >= 14.0)) {
        stop("SomeLibrary needs version 2.14.0 or greater.")
}

if ("SomeLibrary" %in% search()) {
        detach("SomeLibrary")
}

currentlyInWorkspace <- ls()

SomeLibrary <- new.env(parent=globalenv())

require("compiler",quietly=TRUE)

pathToLoad <- "C:/SomeLibraryFiles"

filesToSource <- file.path(pathToLoad,dir(pathToLoad,recursive=TRUE)[grepl(".*[\\.R|\\.r].*",dir(pathToLoad,recursive=TRUE))])

for (filename in filesToSource) {

        tryCatch({
                suppressWarnings(sys.source(filename, envir=SomeLibrary))
        },error=function(ex) {
                cat("Failed to source: ",filename,"\n")
                print(ex)
        })
}

for(SomeLibraryFunction in ls(SomeLibrary)) {
        if (class(get(SomeLibraryFunction,envir=SomeLibrary))=="function") {
                outText <- capture.output(with(SomeLibrary,assign(SomeLibraryFunction,cmpfun(get(SomeLibraryFunction)))))
                if(length(outText)>0){
                        cat("The function ",SomeLibraryFunction," produced the following compile note(s):\n")
                        cat(outText,sep="\n")
                        cat("\n")
                }
        }
}

attach(SomeLibrary)

rm(list=ls()[!ls() %in% currentlyInWorkspace])

invisible(gc(verbose=FALSE,reset=TRUE))

然后在 C:\SomeLibrary.r 中启动没有预加载包和源的 R

然后，您应该从 cmpfun 获取注释，了解对不属于基础包且未定义完全限定命名空间的包中函数的任何调用。