R中的Recenter heatmap.2

Question

我使用下面的代码来生成热图,使用热图.来自R. key ="F"去掉顶部的颜色键.但是,绘图不会重新缩放,在先前由颜色键占据的位置留下空白区域.如何通过摆脱顶部的空白区域重新定位情节？

dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth=c(0.05,0.05), sepcolor="white", cellnote=round(dSet_matrix,digits=2),notecol="black",notecex=0.7,scale="column")

Answer 1

如果您?heatplot.2仔细阅读文档,您将在参数列表的底部看到以下内容:

lmat,lhei,lwid视觉布局:位置矩阵,列高,列宽.请参阅下文了解详情

细节是:

可以通过为lmat,lwid和lhei指定适当的值来覆盖此布局.lmat控制每个元素的相对位置,而lwid控制列宽,lhei控制行高.有关如何使用这些参数的详细信息,请参阅帮助页面以获取布局.

例如:

data(mtcars)
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

 ##
 ## demonstrate the effect of row and column dendrogram options
 ##
 gplots:::heatmap.2(x,key = FALSE,dendrogram = "row",lhei = c(0.05,0.95))

我想这个设置lwid会有类似的表现.虽然我应该补充一点,如果你同时包含两个树状图,那么左上角的空间对于为树形图腾出空间是必要的.