如何将环境变量正确传递给Sun Grid Engine？

Question

我想提交(系列)作业SGE(FWIW,它的Gromacs分子动力学模拟的序列),其中所有的作业,除了后缀相同,比如input01,input02等我写的命令以一种方式运行,后缀由命令序列正确处理.

但是,我找不到让exec环境接收该变量的方法.根据qsub手册页,-v var应该这样做.

$ export i=19
$ export | grep ' i='
declare -x i="19"
$ env | grep '^i='
i=19

然后,我提交以下脚本(run.sh)以查看是否收到:

if [ "x" == "x$i" ]; then
    echo "ERROR: \$i not set"
else
    echo "SUCCESS: \$i is set"
fi

我按如下方式提交作业(与export上面的命令在同一会话中):

$ qsub -N "test_env" -cwd -v i run.sh
Your job 4606 ("test_env") has been submitted

错误流为空,输出流具有:

$ cat test_env.o4606 
ERROR: $i not set

我也尝试了以下命令,但未成功:

$ qsub -N "test_env" -cwd -v i -V run.sh
$ qsub -N "test_env" -cwd -V run.sh
$ qsub -N "test_env" -cwd -v i=19 -V run.sh
$ qsub -N "test_env" -cwd -v i=19 run.sh

如果我i=19在开头添加一行run.sh,则输出为:

$ cat test_env.o4613
SUCCESS: $i is set as 19

我现在正在考虑为每个作业生成一个文件,这个文件基本上是相同的,但是i=xx第一行会有一行.它看起来不太实用,但它将是一个解决方案.

会有更好的解决方案吗？

Answer 1

我一直在做的是以下内容:

##send.sh
export a=10
qsub ./run.sh

和脚本run.sh:

##run.sh
#$ -V
echo $a

当我调用send.sh时,.o的输出为10.