由ExpressionSet对象的样本子集

Question

我有一个包含100个样本的ExpressionSet对象:

> length(sampleNames(eset1))
100

我还有一个75个样本名称的向量(不是数据本身):

> length(vecOf75)
75

如何eset1根据75个样本名称进行子集化(并保存)？也就是说,我想忽略那些eset1名字未列出的样本vecOf75.请记住,对应于75个样本名称的一些样本可能不在eset1.从而,

> length(sampleNames(eset1))

现在应该给出<75.

Answer 1

ExpressionSet可以像矩阵一样是子集,所以也许

eset2 = eset1[, sampleNames(eset1) %in% vecOf75]

或者如果all(vecOf75 %in% sampleNames(eset1))那么

eset1[, vecOf75]

不确定'保存'是什么意思; 要么保存(eset2"some_file.rda")或提取部件exprs(eset2),pData(eset2)等等,以及使用write.table和其他标准的R的功能.