R调试:"只有0可以与负下标混合"

Question

我有一个脚本,当我在R Studio中手动运行时工作正常,但是当我通过包装器从另一个程序运行它时不起作用.

我在调试输出中得到这个信息:

[912] Error in xj[i] : only 0's may be mixed with negative subscripts 
[912] Calls: GetTopN -> cor -> is.data.frame -> [ -> [.data.frame 

如果我在收到错误之前保存图像然后在R Studio中加载它,我执行时会得到相同的错误GetTopN(10).但是,如果我actionlist<- sqlQuery(channel,al_string)在R Studio中重新运行语句,然后执行GetTopN(10)一切正常工作.

我甚至试图在关键调用之前将图像保存在R Studio中,然后在执行GetTopN(10)之前通过包装器加载它,我得到了同样的错误.

我检查了所有相关变量(crs,z,x,n)似乎都有正确的值.我不知道这可能是什么原因,我真的很感激一些帮助!

以下是正在执行的内容(按顺序):

#INIT:
library(RODBC)
library(stats)

channel<- odbcConnect("data")
crs<-mat.or.vec(3000,5) #will hold correlations
n1<-seq(-33,0)

#Get whole series
z <- sqlQuery(channel,"SELECT RPos,M1,M2,M3,M4 FROM `data`.`z` ")
al_string <- "SELECT RPos,OpenTime FROM z JOIN actionlist on(OpenTime = pTime)"
trim_string<- "DELETE FROM ActionList WHERE OpenTime NOT IN (SELECT OpenTime FROM ReducedList)"

GetTopN<-function(n)
{ 
  for(i in 1:nrow(actionlist))
  {
   crs[i,1]<-actionlist$OpenTime[i]
   for(j in 2:ncol(z)) 
   {
    crs[i,j]<-cor(z[actionlist$RPos[i]+n1,j],x[,j])
   }
  }
  avc <- (cbind(crs[,1],rowSums(crs[,2:5])))
  sorted <- crs[order(avc[,2], decreasing=T),1] 
  topx<- head(sorted,n)
  bottomx <- tail(sorted,n)
  DF<-as.data.frame(c(topx,bottomx),row.names=NULL) 
  colnames(DF)[1]<-'OpenTime'
  sqlSave(channel,dat=DF,tablename='ReducedList',append=F,rownames=F,safer=F) 
  sqlQuery(channel,trim_string)
}


curpTime <- 1275266400
actionlist<- sqlQuery(channel,al_string)

x<- sqlQuery(channel,paste('SELECT pTime,M1,M2,M3,M4 FROM z WHERE pTime <= ',curpTime,' AND 
pTime > ',curpTime,'-(300*34) ORDER BY pTime ASC'))

GetTopN(10)

如果它可能有帮助我也保存了我的工作区(4.7mb):工作区 如果连接到我的MYSQL数据库会有帮助,它应该打开74.73.17.163:3306

Answer 1

问题:actionlist$RPos[1000]值为21. n1范围从-31到0.当您添加它们时,您会得到一个具有正值和负值混合的向量,这在子集中是不允许的.

我如何到达那里:首先检查traceback():

traceback()
5: `[.data.frame`(z, actionlist$RPos[i] + n1, j) at #8
4: z[actionlist$RPos[i] + n1, j] at #8
3: is.data.frame(x) at #8
2: cor(z[actionlist$RPos[i] + n1, j], x[, j]) at #8
1: GetTopN(10)

这告诉我问题actionlist$RPos[i] + n1最有可能发生.然后我只是添加了一个简单的print(i)语句来告诉我哪个迭代是问题.(或者,您可能只是actionlist$RPos + n1手动检查了故障点.

Answer 2

对于tidyverse用户，dplyr如果您尝试对分组的 df 进行子集化，则会出现此错误，您需要ungroup先调用。