R在尝试编译时抛出错误

Question

我正在尝试使用R生成2个文件,第一个实际生成的文件非常好,但第二个文件告诉我以下内容:

conteo_correlaciones.c:3:15:错误:Rh:没有这样的文件或目录conteo_correlaciones.c:4:24:错误:Rinternals.h:没有这样的文件或目录conteo_correlaciones.c:31:错误:预期'=',' 'countcorrelations'之前的' ',';','asm'或' attribute '

Rh和Rinternals.h都是从R目录复制的,它们和其他文件在同一个目录中,但是我无法通过这个错误,这些文件被这样的包调用:

#include <R.h>
#include <Rinternals.h>

而我在终端做的是:

R CMD SHLIB conteo_correlaciones.c

哪个效果很好,并为我生成正确的文件,并且:

gcc -dynamiclib conteo_correlaciones.c -o conteo_correlaciones.so

这让我误解了上述错误.知道可能是什么？

Answer 1

R CMD SHLIB添加所有适当的标志来编译代码.您不能(可靠地)"手动"编译代码.R CMD SHLIB已经创建了所有必需的文件,因此您无需gcc自己运行.

例如,这是R CMD SHLIB运行:

$ R CMD SHLIB foo.c
gcc -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include 
  -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 
  -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2 -c foo.c -o foo.o
gcc -arch x86_64 -std=gnu99 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names
  -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress
  -L/usr/local/lib -o foo.so foo.o -F/Library/Frameworks/R.framework/..
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

正如您所看到的,创建正确的二进制文件需要很长的标志列表.第一行是编译,第二行是链接.正如你所看到的那样,它甚至都不是你想要"手工"做的.

至于确切的错误 - 它只是你会得到的许多错误中的一个 - 在上面的例子中你需要包含R的包含路径-I.还有其他人,所以你不想去那里,坚持下去R CMD SHLIB.