Matlab视频处理心脏跳动.代码补充

Question

我正在尝试编写代码帮助我完成生物学工作.代码的概念是分析组织中收缩细胞的视频文件

例1

示例2:youtube.com/watch?v=uG_WOdGw6Rk

并绘制出以下内容:

1. 每分钟的节拍数.
2. 节拍的强度
3. 打击的规律性

所以我编写了一个Matlab代码,它将遍历视频并比较每个帧与其后的帧,并查看帧中是否有任何变化并在曲线上绘制这些变化.

我的代码结果示例

我写的当前代码的核心:

for i=2:totalframes
        compared=read(vidObj,i);
        ref=rgb2gray(compared);%% convert to gray
        level=graythresh(ref);%% calculate threshold
        compared=im2bw(compared,level);%% convert to binary        
        differ=sum(sum(imabsdiff(vid,compared))); %% get sum of difference between 2 frames
        if (differ ~=0) && (any(amp==differ)==0) %%0 is = no change happened so i dont wana record that !
            amp(end+1)=differ;  % save difference to array amp wi
            time(end+1)=i/framerate; %save to time array with sec's, used another array so i can filter both later.
            vid=compared; %% save current frame as refrence to compare the next frame against.
        end
end
figure,plot(amp,time);

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这就是我的代码,但有没有办法可以改进它,这样我可以获得更好的结果？

因为我觉得imabsdiff并不是我应该使用的,因为我的视频包含很多噪音并且影响我的结果很多,而且我认为我的所有放大器数据实际上都是伪造的!

另外,我实际上只能通过计算峰值来提取跳动率,但是如何改进我的代码以便能够从中获取所有必需的数据？

谢谢也非常感谢您的帮助,这是一小部分代码,如果您需要更多信息,请告诉我.谢谢

Answer 1

你说你正试图写一个"简单的代码",但这不是一个简单的问题.如果要准确测量运动,则应使用光流算法或从配准算法中查看变形场.

编辑:正如马特所说,正如我们从你的曲线中看到的那样,你的方法适合于提取节拍的数量和规律性.然而,为了准确地找到节拍的强度,你需要计算细胞的运动(更多的运动=更强的节拍).不幸的是,这不是直截了当的,这就是为什么我给你链接到两个可以为你计算运动的算法.