系统发育树比较

5 algorithm tree bioinformatics similarity phylogeny

我开发了用于系统发育树比较的新算法(系统发育树是简单的有根二叉树)。作为输入,我们有两棵树,我们想计算它们的相似度百分比。这些类型的算法的一个例子是here

但是这些算法中的大多数(据我所知)都没有提供检查其算法准确性的好方法。例如,如果您查看下图,您会发现 T1 和 T3 之间的相似度高于 T1 和 T2。

三种系统发育树的例子

我需要一种方法来检查其相似性度量的准确性,以确保我的算法比以前的算法更好!!!(在大多数情况下,人眼并不难,但我不知道如何将其扩展到我的应用程序中)

您的有效性度量应该独立于算法。

kc2*_*001 1

看一下“图相似度评分和匹配”和“比较两个层次聚类的方法”。也许它们(或链接的参考文献)会有所帮助。