R/ImageJ:测量点和曲线之间的最短距离

Question

我有一些R作为统计平台的经验,但在基于图像的数学方面缺乏经验.我有一系列照片(tiff格式,px /μm已知),有孔和不规则曲线.我想测量一个洞和那个特定洞的最近曲线之间的最短距离.我想为照片中的每个洞做这个.这些孔也不规则,所以也许我需要告诉程序什么是孔和什么是曲线(ImageJ有一个点和分段线函数).

任何想法如何做到这一点？我应该在R中使用哪个包？你会为这种任务推荐另一个程序吗？

Answer 1

编辑：现在可以使用 sclero 包执行此操作。该软件包当前可在GitHub上获取，教程中详细描述了该过程。只是为了说明，我使用教程中的一个示例：

library(devtools)
install_github("MikkoVihtakari/sclero", dependencies = TRUE)
library(sclero)
path <- file.path(system.file("extdata", package = "sclero"), "shellspots.zip")
dat <- read.ijdata(path, scale = 0.7812, unit = "um") 
shell <- convert.ijdata(dat)
aligned <- spot.dist(shell)
plot(aligned)

还可以使用 sclero 包提供的功能添加样本点尺寸。请参阅教程中的第 2.5 节。