维恩图比例和颜色阴影与半透明度

Question

我有以下类型的计数数据.

A   450
B   1800
A and B both    230

我想开发一个色彩丰富的(可能是交叉点的半透明度),如下面的维恩图.

注意:此图是在PowerPoint中绘制的示例,并且不是按比例绘制的.

Answer 1

这是一篇文章,从集群列表和共同发生因素的角度讨论维恩图.

为了方便解决方案,使用包装通风机:

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

如需更高级和定制的解决方案,请查看包装VennDiagram.

Answer 2

基于Geek On Acid的第二个回答第二个建议(再次感谢)我也能够解决线路问题.如果这与其他googlers相关,我发帖!

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Answer 3

我最近发布了一个新的R包,eulerr,它可以满足您的需求.它与venneuler非常相似,但没有它的不一致性.

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

或者您可以在eulerr.co上尝试相同r包的闪亮应用程序

Answer 4

即使这完全没有回答你的问题.我认为这对于想要绘制维恩图的其他人有用.可以使用gplots包中的venn()函数:http: //www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

之后我只使用插画家添加颜色和透明度.

Answer 5

您可以下载并运行直观且灵活的比例绘图仪。查找地址： http: //omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

和

jvenn：交互式维恩图查看器 - GenoToul Bioinfo： http: //bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Answer 6

我知道OP询问R中的解决方案，但我想指出一个名为BioVenn的基于网络的解决方案。它最多需要 3 个元素列表并绘制一个维恩图，以便每个表面与元素数量成正比 - 就像这样：

在此图中，我手动（通过 PhotoShop）更改了数字的位置，因为我不喜欢 BioVenn 选择的位置。但您可以选择不提供数字。

理论上，BioVenn 使用的列表应包含基因 ID，但实际上，这并不重要 - 列表只需包含字符串即可。