如何为不同级别指定不同的颜色范围？
Ale*_*lds 10 r lattice na levelplot
我正在制作一个格子levelplot,x并且y因子范围为[0,1]:
x y level
1 m3134 m3134 1.0000000
2 m3134 m416B 0.4189057
3 m416B m3134 0.2696508
4 m3134 mA20 0.3322170
5 mA20 m3134 0.2454191
6 m3134 mB 0.3176792
...
这是我用来根据这些数据制作图形的R脚本:
#!/foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
mtxFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
mtx <- read.table(mtxFn, col.names=c("x", "y", "level"))
mtx$level[(mtx$level == 1)] <- NA
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
colors <- colorRampPalette(c('red', 'white'))(256)
fig <- levelplot(level~x*y,
data=mtx,
col.regions=colors,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(mtx$x, mtx$y, round(mtx$level*100,0), cex=0.5)
}
)
print(fig)
graphics.off();
这很好用.我得到下图:
但是,NA我不想将单元格标记,而是将它们保留为1.00值,但是将所有单元格的颜色设置为10(一个级别0.10)和79之间(一个级别0.79)colors.任何大于79的颜色都会被涂上与使用大约相同的颜色相同的颜色.或者,优选地,所述细胞将被着色为黑色,其中根本没有文本.
有没有办法用levelplot格子来完成这个？
最终编辑
这并没有给出渐变的颜色,但我足够接近,我会奖励赏金,也许还可以ggplot2作为替代.感谢您为此付出的辛勤劳动.
这是我的脚本的最终编辑:
#! /foo/bar/bin/Rscript --vanilla
args <- commandArgs(TRUE)
dfFn <- args[1]
pdfFn <- args[2]
df <- read.table(dfFn,
col.names=c("x", "y", "level"),
stringsAsFactors=TRUE,
colClasses=c("factor", "factor", "numeric"))
df$level <- round(df$level*100, 0)
# reorder cell type row-factors (in reverse of given order)
df$y <- factor(df$y, levels=unique(df$y[length(df$y):1]))
lowestValue <- min(df$level)
secondHighestValue <- unique(sort(df$level, decreasing=TRUE))[2]
n <- 10
col.seq <- seq(lowestValue, secondHighestValue, length.out=n)
brks <- c(0, col.seq, Inf)
cuts <- cut(df$level, breaks = brks)
colors <- colorRampPalette(c("white", "red"))(length(levels(cuts))-1)
colors <- c(colors, "black")
cls <- rep(colors, times = table(cuts))
library(lattice)
trellis.device(dev=pdf, file=pdfFn)
fig <- levelplot(cuts~x*y,
data = df,
cuts = n,
col.regions=cls,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(df$x, df$y, df$level, cex=0.5)
},
colorkey=list(col=colorRampPalette(c("white", "red"))(length(col.seq)), at=col.seq)
)
print(fig)
graphics.off()
以下是levelplot此脚本的用法:
如果我增加n以上15,细胞着色再次破裂,返回到鲜红色的对角线,而不是黑色(如图所示).
这是修订版#3
再来一次).:)
这很奇怪,如果我将n设置为低于15的任何东西,事情似乎有用吗？
df <- read.table("http://dl.dropbox.com/u/31495717/stackoverflow.overlaps.list.txt",
sep = "\t", header = FALSE)
names(df) <- c("x", "y", "level")
df$level <- round(df$level*100, 0)
n <- 10
col.seq <- seq(10, 80, length.out = n)
brks <- c(0, seq(10, 80, length.out = n), 100)
cuts <- cut(df$level, breaks = brks)
colors <- colorRampPalette(c("red", "white"))(length(levels(cuts))-1)
colors <- c(colors, "black")
cls <- rep(colors, times = table(cuts))
print(levelplot(cuts~x*y,
data = df,
cuts = n,
col.regions=cls,
xlab="",
ylab="",
aspect="iso",
scales=list(
x=list(rot=90)
),
panel=function(...) {
arg <- list(...)
panel.levelplot(...)
panel.text(df$x, df$y, df$level, cex=0.5)
},
colorkey = list(col = colors, at = brks)
))