使用现有R会话中的对象运行Sweave或knitr

Question

假设x我当前会话中有一个对象:

x <- 1

如何在Sweave或knitr文档中使用此对象,而无需明确指定它:

\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
  print(x)
@
\end{document}

我问的原因是因为我想写一个R脚本导入数据,然后使用Sweave模板为每个主题生成一个报告.

Answer 1

我会采用稍微不同的方法,因为使用全局变量会减少reproducibility分析.我用brew+ sweave/knitr来实现这个目标.这是一个简单的例子.

# brew template: "template.brew"
\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
print(<%= x %>)
@
\end{document}

# function to write report
write_report <- function(x){
  rnw_file <- sprintf('file_%s.rnw', x)
  brew::brew('template.brew', rnw_file)
  Sweave(rnw_file)
  tex_file <- sprintf('file_%s.tex', x) 
  tools::texi2pdf(tex_file, clean = TRUE, quiet = TRUE)
}

# produce reports
dat <- 1:10
plyr::l_ply(dat, function(x) write_report(x))

Answer 2

我认为它只是有效.如果您的Sweave文件名为"temp.Rnw",则运行

> x <- 5
> Sweave("temp.Rnw")

您必须担心正确命名结果输出,以便不会覆盖每个报告.

Answer 3

在评估R代码块时,Sweave和knitr利用全局环境(请参阅参考资料globalenv()),因此您的全局环境中的任何内容都可用于您的文档.(严格地说,knitr使用父帧parent.frame(),其是globalenv()在大多数情况下)