R中的简单马尔可夫链(可视化)

Question

我想在R中做一个简单的一阶马尔可夫链.我知道有像MCMC这样的包,但找不到一个以图形方式显示它.这甚至可能吗？如果给定一个转换矩阵和一个初始状态,可以直观地看到通过马尔可夫链的路径(也许我可以手工完成这个......).

谢谢.

Answer 1

这显示了如何将随机转换矩阵应用于特定的起始向量:c(1,0,0,0):

set.seed(123)
tmat <- matrix(rnorm(16)^2,ncol=4) 
   # need entries to be positive, could have used abs()
tmat <- tmat/rowSums(tmat) # need the rows to sum to 1
tmat
            [,1]       [,2]       [,3]        [,4]
[1,] 0.326123580 0.01735335 0.48977444 0.166748625
[2,] 0.016529424 0.91768404 0.06196453 0.003822008
[3,] 0.546050789 0.04774713 0.33676288 0.069439199
[4,] 0.001008839 0.32476060 0.02627217 0.647958394
require(expm)   # for the %^% function
matplot( t(         # need to transpose to get arguments to matplot correctly
       sapply(1:20, function(x) matrix(c(1,0,0,0), ncol=4) %*% (tmat %^% x) ) ) )

你可以看到它接近平衡:

Answer 2

也许Biostar上的这个查询可以帮助您：Visualizing HMM files of HMMER3。它指向两个外部应用程序，LogoMat-M和HMMeditor，用于可视化轮廓隐马尔可夫模型 (pHMM)。