错误“dsparseModelMatrix”对象：未定义超类“xMatrix”

Question

我正在使用 INLA 运行一个贝叶斯模型，该模型昨天还可以工作，今天就不再工作了（多么令人沮丧）。因此，我学习了之前检查过的教程，该教程也有效（https://becarioprecario.bitbucket.io/inla-gitbook/ch-spatial.html#spatial-models-using-stochastic-partial- Differential -equations）。但同样，由于同样的原因，它不再起作用：

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options(repos = c(getOption("repos"),\n                  INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"))\ninstall.packages("INLA", dep = TRUE)\n\nlibrary(sp)\nlibrary(gstat)\nlibrary(INLA)\ndata(meuse)\n\n\ncoordinates(meuse) <- ~x+y\nproj4string(meuse) <- CRS("+init=epsg:28992")\n\ndata(meuse.grid)\ncoordinates(meuse.grid) = ~x+y\nproj4string(meuse.grid) <- CRS("+init=epsg:28992")\ngridded(meuse.grid) = TRUE\n\nlibrary(maptools)\nmeuse.bdy <- unionSpatialPolygons(\n  as(meuse.grid, "SpatialPolygons"), rep (1, length(meuse.grid))\n)\n\npts <- meuse.bdy@polygons[[1]]@Polygons[[1]]@coords\nmesh <- inla.mesh.2d(loc.domain = pts, max.edge = c(150, 500),\n                     offset = c(100, 250) )\n\nmeuse.spde <- inla.spde2.matern(mesh = mesh, alpha = 2)\nA.meuse <- inla.spde.make.A(mesh = mesh, loc = coordinates(meuse))\ns.index <- inla.spde.make.index(name = "spatial.field",\n                                n.spde = meuse.spde$n.spde)\nmeuse.stack <- inla.stack(data  = list(zinc = meuse$zinc),\n                          A = list(A.meuse, 1),\n                          effects = list(c(s.index, list(Intercept = 1)),\n                                         list(dist = meuse$dist)),\n                          tag = "meuse.data")\n\nA.pred <- inla.spde.make.A(mesh = mesh, loc = coordinates(meuse.grid))\nmeuse.stack.pred <- inla.stack(data = list(zinc = NA),\n                               A = list(A.pred, 1),\n                               effects = list(c(s.index, list (Intercept = 1)),\n                                              list(dist = meuse.grid$dist)),\n                               tag = "meuse.pred")\n\njoin.stack <- inla.stack(meuse.stack, meuse.stack.pred)\n\nform <- log(zinc) ~ -1 + Intercept + dist + f(spatial.field, model = spde)\n\nm1 <- inla(form, data = inla.stack.data(join.stack, spde = meuse.spde),\n           family = "gaussian",\n           control.predictor = list(A = inla.stack.A(join.stack), compute = TRUE),\n           control.compute = list(cpo = TRUE, dic = TRUE))\n

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出现错误：

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validObject(.Object) 中的错误：\ninvalid class \xe2\x80\x9cdsparseModelMatrix\xe2\x80\x9d 对象：超类“xMatrix”未在对象类的环境中定义

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*** inla.core.safe：inla.程序已崩溃：重新运行以获得更好的\n初始值。try=1/1 validObject(.Object) 中的错误：无效\n类 \xe2\x80\x9cdsparseModelMatrix\xe2\x80\x9d 对象：超类“xMatrix”未在\n对象类的环境中定义 inla 中的错误.core.safe(formula\n= Formula, family = family,对比=对比, : *** 未能获得足够好的初始值。也许是由于其他原因造成的。

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按照此处的建议：validObject(.Object) 中的错误：无效类 \xe2\x80\x9cdsparseModelMatrix\xe2\x80\x9d 对象：超类“Mnumeric”， https: //groups.google.com/g/r-inla-discussion -group/c/Pz7cpf4L1zU \n我重新安装了 R，但它仍然无法工作。\n我还重新安装了 Matrix 软件包，但没有任何结果。

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你有什么线索吗？

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乌班图22.04

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R版本4.3.2（2023-10-31）——“眼洞”

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INLA 版本 2009 年 9 月 23 日

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Answer 1

在Matrix < 1.6-2 和Matrix >= 1.6-2之间更改后，您必须从源重新安装MatrixModel。

install.packages("MatrixModels", type = "source")