在 R 中使用 lmer 函数时，“initializePtr() 中出现错误：包‘Matrix’未提供函数‘cholmod_factor_ldetA’”

Question

我正在尝试使用 R 中的 lmer 函数构建混合效应线性回归模型。我正在使用以下代码构建固定效应和混合效应模型，以通过比较 AIC 来证明使用混合效应模型的合理性。我已尝试多次重新加载 lme4 包并在上传之间重新启动（如其他问题中的建议）；但是，这并没有解决错误。预先感谢您的任何指导。

    `# generate models
    m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
    m0.lmer = lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = T, data = CP)

    `# compare models
    AIC(logLik(m0.glm))
    AIC(logLik(m0.lmer))

    > m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
    > m0.lmer = lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = T, data = CP)

    Error in initializePtr() : 
      function 'cholmod_factor_ldetA' not provided by package 'Matrix'`

Answer 1

Matrix < 1.6-2 和Matrix >= 1.6-2 是二进制不兼容的。当您在它们之间进行更改时，您必须从链接Matrix 的源包重新安装，因此依赖于Matrix ABI：

> tools::package_dependencies("Matrix", which = "LinkingTo", reverse = TRUE)[[1L]]
 [1] "ahMLE"               "bayesWatch"          "cplm"               
 [4] "GeneralizedWendland" "hibayes"             "irlba"              
 [7] "lme4"                "mcmcsae"             "OpenMx"             
[10] "PRIMME"              "robustlmm"           "spGARCH"            
[13] "TMB"                 "bcSeq"              

如果您有所需的工具 [1]，那么您可以从源重新安装lme4 ：

install.packages("lme4", type = "source")

如果没有，那么您需要从存储库安装Matrix和lme4的兼容二进制文件。并非所有存储库都提供兼容的二进制文件，但 CRAN 提供[2]，因此以下内容在大多数情况下应该有效：

oo <- options(repos = "https://cran.r-project.org/")
install.packages("Matrix")
install.packages("lme4")
options(oo)

请注意，一旦lme4 > 1.1-35.1 发布，所有存储库中的二进制文件将自动重建。此时，update.packages()即使没有显式设置repos.

另请参阅我从 11 月 11 日起在 R-package-devel 邮件列表上发布的公告： https: //stat.ethz.ch/pipermail/r-package-devel/2023q4/010054.html

1. Windows 用户应安装 RTools，如此处所述；macOS 用户应安装 Xcode 和 GNU Fortran 的命令行工具，如此处所述；Linux 用户应该已经拥有所需的工具。

2. 适用于 Windows（R 4.2、4.3、4.4）、macOS x86_64（R 4.3）和 macOS arm64（R 4.2、4.3）。

Answer 2

我收到了同样的错误，但使用 Matrix 的二进制版本（1.5-4）修复了它。

编辑：我对此错误的解决方案如下所述。

博尔克和贾根有更富有洞察力的贡献

remove.packages("Matrix")
install.packages("Matrix")

只需在有关从源安装和编译的弹出窗口中单击“否”即可。

library(matrix)

或者这应该有效

remove.packages("Matrix")
remove.packages("lme4")
install.packages("lme4", type = "source")
library(lme4)

安装 lme4 还将包括 Matrix 包（二进制版本）。

不管你想做什么，只要确保你使用的是 Matrix 包的二进制版本（1.5-4 是最新的）。