在 R 中的热图行上添加矩形

Question

我正在尝试在函数调用graphics::rect的一行周围添加矩形框（即），heatmap如下所示：

stats::heatmap(matrix(data = rnorm(25),nrow = 5,ncol = 5),Colv = NA,scale = "none")

为了确定参数，rect我需要能够自动检索绘制的热图的 xlim 和 ylim （不是侧面的树状图），但我不知道该怎么做..限制似乎并不存在为 1:5（对于本例）。

Answer 1

知道在哪里放置角度的技巧rect是获得正确的用户坐标。不幸的是，par("usr")（我最初的猜测）返回c(0, 1, 0, 1)，没有帮助。然而，我通过阅读最后的“注释”中的内容找到了为什么会出现这种情况的线索?heatmap

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     \xe2\x80\x98heatmap()\xe2\x80\x99 uses layout and draws the image in the lower right\n     corner of a 2x2 layout.  Consequentially, it can *not* be used in\n     a multi column/row layout, i.e., when \xe2\x80\x98par(mfrow = *)\xe2\x80\x99 or \xe2\x80\x98(mfcol\n     = *)\xe2\x80\x99 has been called.\n

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这意味着在整个图完成后我们无法分解子图的用户坐标。然而......在同一个帮助页面中，我们看到

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add.expr: expression that will be evaluated after the call to image.\n          Can be used to add components to the plot.\n

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我相信“调用图像”意味着实际的矩阵颜色图。

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所以我尝试了这个：

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     \xe2\x80\x98heatmap()\xe2\x80\x99 uses layout and draws the image in the lower right\n     corner of a 2x2 layout.  Consequentially, it can *not* be used in\n     a multi column/row layout, i.e., when \xe2\x80\x98par(mfrow = *)\xe2\x80\x99 or \xe2\x80\x98(mfcol\n     = *)\xe2\x80\x99 has been called.\n

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好的，我们需要将您添加rect到通话中add.expr，坐标很直观。

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add.expr: expression that will be evaluated after the call to image.\n          Can be used to add components to the plot.\n

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笔记：

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• 左下角的左下角是，所以我们需要相应地0.5, 0.5偏移xs和ys
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• xpd=NA就是停止“剪辑”；如果没有它，左/右矩形边框的一部分会被剪掉，因此会更薄；不是必需的，但一致
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数据

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stats::heatmap(mtx, Colv = NA, scale = "none", add.expr = { browser(); 1; })\nBrowse[4]> par("usr")\n[1] 0.5 5.5 0.5 5.5\n

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