使用另一个函数中的“subset”函数对自定义 S4 类进行子集化

Question

我正在尝试为我的自定义 S4 类定义一个subset方法。虽然当我直接向 提供子集标准时subset，子集按预期工作，但每当我在另一个函数中调用该方法时，该方法都会失败，其中子集标准从该函数传递到subset该函数。

S4 类myClass包含一个data.frame：

# Define class
setClass("myClass", slots = c(data = "data.frame"))

# Initiate a myClass object
dat <- new("myClass", data = data.frame(Letter = c("A", "A", "B"), Number = c(1, 2, 3)))

为了能够根据data.frameslot 中的内容对类进行子集化data，我定义了以下subset方法：

setMethod("subset", signature(x = "myClass"), function(x, ...) {
  x@data <- subset(x@data, ...)
  return(x)
})

该方法在调用时按预期工作，如下所示：

# Assume we only want to retain entries containing the letter "A"
whichletter <- "A"

# Subset (does work)
subset(dat, Letter %in% whichletter)

An object of class "myClass"
Slot "data":
  Letter Number
1      A      1
2      A      2

但是，当我尝试subset在另一个函数中运行时，其中子集标准是通过该函数的参数提供的，子集将不起作用：

# Random function that takes a letter `let`as argument
randomFunction <- function(object, let) {
  object_subsetted <- subset(object, Letter %in% let)
  return(object_subsetted)
}

# Subset (does not work)
randomFunction(object = dat, let = whichletter)

Error in Letter %in% let: object 'let' not found

这似乎是环境问题，但我无法弄清楚到底出了什么问题。有谁有如何避免此错误的建议？

Answer 1

我刚刚发现这个和这个似乎一起回答了我的问题。该问题与 S4 类的使用无关，而是由subset变量作用域的方式引起的。最初，我的定义是在对象内部subset寻找。通过专门定义在范围内计算表达式，但允许将范围扩展到（变量所属的），可以解决错误并允许我根据需要进行子集化。letx@datax@dataparent.frame()let

这是完整的代码：

# Define class
setClass("myClass", slots = c(data = "data.frame"))

# Initiate a myClass object
dat <- new("myClass", data = data.frame(Letter = c("A", "A", "B"), Number = c(1, 2, 3)))

# Define a subset method
setMethod("subset", signature(x = "myClass"), function(x, ...) {
  condition <- substitute(...)
  indices <- eval(condition, x@data, parent.frame())
  x@data <- x@data[indices, ]
  return(x)
})

# Suppose we want to subset to only retain entries with "A"
whichletter <- "A"

# What if we have a function that should pass the subsetting value to the subset
# function?
randomFunction <- function(object, let) {
  object_subsetted <- subset(object, Letter %in% let)
  return(object_subsetted)
}

# Test it (works now)
randomFunction(object = dat, let = "A")
randomFunction(object = dat, let = "B")

An object of class "myClass"
Slot "data":
  Letter Number
1      A      1
2      A      2

An object of class "myClass"
Slot "data":
  Letter Number
3      B      3

然而，正如 @JDL 所强调的，定义一个[方法可能更明智。