R 中稀疏矩阵的逐元素指数

Question

我在 R 中有一个大的稀疏矩阵 ( dgCMatrix)，我想要这个矩阵的每个元素的指数。更准确地说，我想对矩阵的每个元素执行 1-exp(-x) 。不幸的是，当我在 R 中执行此操作时，需要sparse->dense coercion花费大量时间和内存（请参见下面的示例）。

library(Matrix)
i <- sample(20000, 20000); j <- sample(20000, 20000); x <- 7 * (1:20000)
A <- sparseMatrix(i, j, x = x)
1 - exp(-A)

R 有没有办法避免这种强制？由于 1-exp(0) 为 0，也许可以保留稀疏性。

Answer 1

也许你可以尝试

A@x <- 1 - exp(-A@x)

这样您就可以只更新非稀疏条目。

对于非常小的A@x，我们可以使用

A@x <- -expm1(-A@x) # thanks for the comment from jblood94

或者只是简单地

A <- -expm1(-A) # thanks for the comment from Ben Bolker