Orl*_*gal 8 r rstudio knitr r-markdown quarto
我一直在尝试 Rstudio 的新四开工具，但似乎我无法做一些在旧版本的R Notebook或R Markdown替代品中可以做的事情。
我想通过几个四开文档 (.qmd) 组织我的工作流程，并且我想生成 .html 文档以与非 R 用户共享。例如，假设我有以下 4 个文档：
在01_DataProcessing.qmd中，我清理并组织了其他三个文件中使用的所有数据。因此，其他三个文件依赖于01_DataProcessing.qmd，必须先运行 *01_DataProcessing.qmd 才能运行其他文件。在 Rstudio 中，这可以完美地工作，因为环境中的所有数据都可以由所有 .qmd 文件访问。
然而，当我想生成 .hmtl 文件时，我必须“渲染” .qmd 文件。这就是我发现问题的地方。渲染似乎忽略了全局环境中的所有变量（以及所有加载的库），因此它显示错误（执行停止）。这意味着我只能使用包含所有代码的独立文档，这对于大型工作流程可能会出现问题。
我错过了什么吗？我需要更改一些设置吗？有什么解决方法吗？如何指定 .qmd 使用全局环境中可用的所有数据？
请注意，将最新版本的 Rstudio 更改为 .rmd 并不能解决问题，因为行为与 .qmd 文档相同。另外，请注意，过去并非如此。
为了给出一个可重现的示例，假设在第一个qmd文件01_DataProcessing.qmd中，我创建了一个 data.frame并且我想在03_Plots.qmd文件中TestData使用TestData
01_数据处理.qmd
---
title: "01_DataProcessing"
format: html
editor: visual
---
```{r}
library(tidyverse)
library(magrittr)
TestData <- data.frame(
x = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7),
y = c(1 ,2 ,3, 4, 5, 6, 7))
```
03_Plots.qmd
---
title: "03_Plots"
format: html
editor: visual
---
If you try to render the file the execution is halted because the object TestData is not found.
```{r}
plot(TestData$x, TestData$y)
```
一种方法可以是将第一个qmd文件中的 r 对象保存在一个.Rdata文件中，然后.Rdata在第二个qmd文档的开头加载该文件，并且还使用包含所有库调用的 R 脚本文件，并将该 r 脚本文件来源为每个文件的开头qmd。
现在假设所有这些相关文件都位于同一目录（即文件夹）中，
全局变量R
globals.R文件包含所有必要的库调用，并且可能包含我们希望在每个qmd文件中使用的常见 R 对象（向量、data.frame 等）和常见 R.options，我们将在每个文件的开头获取此 r 脚本文件qmd文件。
library(tidyverse)
library(magrittr)
01_数据处理.qmd
我们将TestData1和TestData2data.frame 对象保存在data_process.Rdata文件中，以便我们可以在后面的文件中使用它们。
---
title: "01_DataProcessing"
format: html
---
```{r}
#| label: setup-globals
#| include: false
source("globals.R")
```
```{r}
TestData1 <- data.frame(
x = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7),
y = c(1 ,2 ,3, 4, 5, 6, 7)
)
TestData2 <- data.frame(
x = 6:10,
y = 6:10
)
```
```{r}
#| include: false
save(TestData1, TestData2, file = "data_process.Rdata")
```
03_Plots.qmd
在此文件中，我们可以加载该data_process.Rdata文件，并且TestData1data.frameTestData2对象可供使用。
---
title: "03_Plots"
format: html
---
```{r}
#| label: setup
#| include: false
source("globals.R")
load("data_process.Rdata")
```
```{r}
plot(TestData1$x, TestData1$y)
plot(TestData2$x, TestData2$y)
```
现在我们可以按顺序渲染这些文件，一切都按预期进行（希望如此！）。
现在添加一些更多建议
如果我们设置一个包含这些文件的 Rstudio 项目，我们可以使用特定于项目的文件，.Rprofile而不是像此答案中那样使用全局 R 文件，这使我们无需在每个文件中获取 r 脚本文件qmd。
如果我们只想在顺序文件之间传递 data.frame，我们也可以将这些 data.frame 作为 CSV 文件写入项目目录内的特定数据目录中，并在以后的文件中读取它们（推荐使用该{here}包很多人都遇到过这种情况）