创建一个表，记录R中不为零的行对的数量

Question

如果标题令人困惑，我深表歉意，但以下是我想要完成的任务。假设我有一个虚拟表，如下所示：

df <- data.frame(
  patient = paste0("patient",seq(1:6)),
  gene_1 = c(10,5,0,0,1,0),
  gene_2 = c(0,26,4,5,6,1),
  gene_3 = c(1,3,5,12,44,1)
)

病人	基因_1	基因_2	基因_3
病人1	10	0	1
病人2	5	26	3
病人3	0	4	5
病人4	0	5	12
病人5	1	6	44
病人6	0	1	1

我想要的是另一个表，仅当两个值都不为零时才记录对的总数。该表看起来像这样：

第 1 列	列2	对数
基因1	基因2	2
基因1	基因3	3
基因2	基因3	5

任何帮助表示赞赏。谢谢。

Answer 1

我们可以通过将数据转换为长格式，进行自连接，然后过滤来做到这一点：

\n

library(tidyr)\nlibrary(dplyr)\n## Long format, keep only non-zeros\nlong_data = pivot_longer(df, -patient) %>%\n  filter(value != 0) %>%\n  select(-value)\n\n## Self join on patient,\n## Remove exact matches (can't pair with yourself)\n## And use < to remove doublecounts\nlong_data %>%\n  left_join(long_data, by = "patient") %>%\n  filter(name.x != name.y & name.x < name.y) %>%\n  count(name.x, name.y)\n# # A tibble: 3 \xc3\x97 3\n#   name.x name.y     n\n#   <chr>  <chr>  <int>\n# 1 gene_1 gene_2     2\n# 2 gene_1 gene_3     3\n# 3 gene_2 gene_3     5\n

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