删除Tab delim文件中的额外列
我尝试使用以下R命令将不同的制表符分隔文件合并到单个文件中.
如果你观察,我甚至使用write.table命令保存文件.现在我需要阅读相同的文件以进行进一步分析.我面临的最大问题是,有一个额外的列没有自动创建任何列名.
如果您发现使用write.table函数时自动创建了一列(红色).我想摆脱那一栏,因为它妨碍了所有进一步的计算.
combine=function(file) {
split_list <- unlist(strsplit(file,split=","))
setwd("D:/combine")
dataset <- do.call("cbind",lapply(split_list,FUN=function(files) { read.table(files,header=TRUE, sep="\t") } ) )
names(dataset)[1]=paste("Probe_ID")
drop=c("ProbeID")
dataset=dataset[,!(names(dataset)%in%drop)]
dataset$X=NULL
write.table(dataset,file="D:/output/illumina.txt",sep="\t",col.names=NA)
return ("illumina.txt")
}