如何让 Python 像 grep 一样重新工作以重复组？

Question

我有以下字符串：

seq = 'MNRYLNRQRLYNMYRNKYRGVMEPMSRMTMDFQGRYMDSQGRMVDPRYYDHYGRMHDYDRYYGRSMFNQGHSMDSQRYGGWMDNPERYMDMSGYQMDMQGRWMDAQGRYNNPFSQMWHSRQGH'

也保存在一个名为seq.dat. 如果我使用以下grep命令

grep '\([MF]D.\{4,6\}\)\{3,10\}' seq.dat

我得到以下匹配字符串：

MDNPERYMDMSGYQMDMQGRWMDAQGRYN

这就是我想要的。换句话说，我想要匹配的是与字符串相同的连续重复次数[MF]D.{4,6}。我不想匹配连续重复次数少于 3 次的情况，但我希望它能够捕获最多 6 次。

现在，我正在尝试用 python 来做到这一点。我有

p = re.compile("(?:[MF]D.{4,6}){3,10}")

尝试search()退货

MDNPERYMDMSGYQMDMQGRWM

这是接近我寻求的答案，但仍然缺少最后一个MDAQGRYN。我猜这是因为.{4,6}匹配了M，这又阻止{3,10}了捕获第四次出现([MF]D.{4,6})，但由于我要求至少 3 个，它很高兴并且停止了。

如何使 Python 正则表达式像 grep 一样运行？

Answer 1

POSIX（“文本导向”）和 NFA（“正则表达式导向”）引擎之间存在根本区别。POSIX 引擎（grep此处使用 POSIX BRE 正则表达式风格，这是默认使用的风格）将解析应用正则表达式的输入文本并返回可能的最长匹配。NFA引擎（Pythonre引擎是NFA引擎）这里当后续模式部分匹配时不会重新消费（回溯）。

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请参阅有关正则表达式导向和文本导向引擎的参考：

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正则表达式引导的引擎遍历正则表达式，尝试将正则表达式中的下一个标记与下一个字符匹配。如果找到匹配项，引擎将继续执行正则表达式和主题字符串。如果令牌无法匹配，引擎将回溯到正则表达式和主题字符串中的前一个位置，在该位置可以尝试通过正则表达式的不同路径...使用正则表达式定向引擎的现代正则表达式风格具有许多功能，例如原子分组以及所有格量词，让您可以控制这种回溯。

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文本导向引擎遍历主题字符串，在前进到字符串中的下一个字符之前尝试正则表达式的所有排列。文本导向的引擎永远不会回溯。因此，关于文本导向引擎的匹配过程，\xe2\x80\x99 没有太多可讨论的。在大多数情况下，文本导向引擎会找到与正则表达式导向引擎相同的匹配项。

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最后一句说“在大多数情况下”，但不是所有情况，你的例子很好地说明了可能会出现差异。

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为了避免消耗M或F紧随其后D，我建议使用

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(?:[MF]D(?:(?![MF]D).){4,6}){3,10}\n

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请参阅正则表达式演示。细节：

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• (?:- 外部非捕获容器组的开始:\n
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  • [MF]D-M或F然后D
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  • (?:(?![MF]D).){4,6}- 任何字符（换行符除外）重复四到六次，不会启动MD或FD字符序列
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• ){3,10}- 外组结束，重复3至10次。
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顺便说一句，如果您只想匹配大写 ASCII 字母，请将 替换.为[A-Z]。

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