renv + venv + jupyterlab + IRkernel：它会混合吗？

Question

简洁版本

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renv和venv一起使用的简单而优雅的方式是什么jupyterlab？IRkernel特别是，如何renv从不在根目录的jupyter笔记本自动激活？

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长版

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我正在拥抱“多语言”数据科学风格，这意味着同时使用 python 和 R。现在venv太棒了，renv太棒了，jupyterlab太棒了，所以我试图找出将它们一起使用的巧妙方法。

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我快要完成了，所以可能一些提示就足以完成这个设置。这就是我现在所在的地方。

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系统

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从干净的操作系统开始，并安装系统级要求：R + renv 和 Python + venv。例如在 Ubuntu 上，它大约是这样的：

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# R\nsudo apt install r-base\nsudo R -e "install.packages(\'renv\')"\n\n# Python\nsudo apt install python3.8\nsudo apt install python3.8-venv\n

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项目

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现在创建一个包含两个文件的基本项目jupyrenv：

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jupyrenv/\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 DESCRIPTION\n\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 requirements.txt\n

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DESCRIPTION包含 R 依赖项：

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Suggests:\n    IRkernel,\n    fortunes\n

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requirements.txt包含 python 依赖项：

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jupyterlab\n

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创建虚拟环境并安装依赖项（顺序很重要，R 必须遵循 python）：

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jupyrenv/\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 DESCRIPTION\n\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 requirements.txt\n

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到目前为止非常整洁！

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朱皮特

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从命令行启动 jupyter 并庆幸，它有效了！

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jupyter-lab\n

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有什么不喜欢的？

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不幸的是，如果我创建一个文件夹（例如notebooks）并在那里启动 R 笔记本，它\n不起作用:(

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[I 2022-02-23 19:07:24.628 ServerApp] Creating new directory in \n[I 2022-02-23 19:07:31.159 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks\n[I 2022-02-23 19:07:31.416 ServerApp] Kernel started: 0aa2c276-18dc-4511-b308-e78234fa71d4\nError in loadNamespace(name) : there is no package called \xe2\x80\x98IRkernel\xe2\x80\x99\nCalls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart\nExecution halted\n

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尝试修复

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似乎renv没有从子文件夹中使用它，因此我们需要提示进程R使用它。我尝试在子文件夹中添加一个额外的.Rprofile文件notebooks：

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jupyrenv/\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 DESCRIPTION\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 requirements.txt\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 renv\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 venv\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 notebooks\n\xe2\x94\x82\xc2\xa0\xc2\xa0 \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 .Rprofile\n\xe2\x94\x82\xc2\xa0\xc2\xa0 \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 Untitled.ipynb\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 .Rprofile\n\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 Untitled.ipynb\n

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包含以下内容：

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.Rprofile:

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source("../renv/activate.R")\n

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它确实有效，但不是真的。首先，当尝试在notebooks目录中创建 R 笔记本时，它会创建一个新的renv：

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[I 2022-02-23 19:22:28.986 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks\n[I 2022-02-23 19:22:29.298 ServerApp] Kernel started: b40a88b3-b0bb-4839-af45-85811ec3073c\n# Bootstrapping renv 0.15.2 --------------------------------------------------\n* Downloading renv 0.15.2 ... OK (downloaded source)\n* Installing renv 0.15.2 ... Done!\n* Successfully installed and loaded renv 0.15.2.\n

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然后那个 jupyter 实例就可以工作了，我可以使用它，但是如果我重新启动，它就会停止工作并返回到丢失的错误IRkernel：

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[I 2022-02-23 19:24:58.912 ServerApp] Kernel started: 822d9372-47fd-43f5-8ac7-77895ef124dc\nError in loadNamespace(name) : there is no package called \xe2\x80\x98IRkernel\xe2\x80\x99\nCalls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart\n

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我缺少什么？

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Answer 1

我在github 存储库中将这个问题作为一个问题renv打开，维护者友好地提供了一个解决方法。其内容notebooks/.Rprofile应如下：

owd <- setwd(".."); source("renv/activate.R"); setwd(owd)

它融合了！