我需要列出大量文件(40,000个文件),如下所示:
ERR001268_1_100.fastq ERR001268_2_156.fastq ERR001753_2_78.fastq
ERR001268_1_101.fastq ERR001268_2_157.fastq ERR001753_2_79.fastq
ERR001268_1_102.fastq ERR001268_2_158.fastq ERR001753_2_7.fastq
ERR001268_1_103.fastq ERR001268_2_159.fastq ERR001753_2_80.fastq
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我的命令是:ls ERR*_1_*.fastq |sed 's/\.fastq//g'|sort -n > masterlist
但是错误是:bash: /bin/ls: Argument list too long
但是我可以解决这个问题吗?有没有其他方法可以通过perl/python制作这样的列表?
谢谢
Jim*_*wis 13
你应该能够取代ls ERR*_1_*.fastq用find . -name "ERR*_1_*.fastq".
这样,您可以避免将通配符扩展为大型参数列表.
(find输出将包括一个前导"./",例如./ERR001268_1_100.fastq.如果这是不合需要的,你可以sed在管道中稍后用另一个命令去除它.)