捕获R中系统调用的退出状态和输出

Question

我已经打了一下,与system()和system2()欢乐,我突然想到我能救输出或在对象退出状态.玩具示例:

X <- system("ping google.com",intern=TRUE)

给我输出,而

X <- system2("ping", "google.com")

给我退出状态(在这种情况下为1,谷歌不接受ping).如果我想要输出和退出状态,我必须进行2次系统调用,这看起来有点矫枉过正.如何只使用一个系统调用？

编辑:我想在控制台中同时使用两者,如果可能的话,不通过stdout="somefile.ext"在system2调用中使用临时文件并随后读取它.

Answer 1

我对你对system2的描述感到有点困惑,因为它有stdout和stderr参数.因此它能够返回退出状态,stdout和stderr.

> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
<simpleWarning: running command ''ls' xx 2>&1' had status 2>
> ex
[1] "ls: cannot access xx: No such file or directory"
> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","-l", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
 [listing snipped]                  
> ex
 [listing snipped]

Answer 2

从R 2.15开始,system2当stdout和/或stderr为TRUE 时,将返回值作为属性.这样可以轻松获取文本输出和返回值.

在此示例中,ret最终成为具有属性的字符串"status":

> ret <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE)
Warning message:
running command ''ls' xx 2>&1' had status 1 
> ret
[1] "ls: xx: No such file or directory"
attr(,"status")
[1] 1
> attr(ret, "status")
[1] 1

Answer 3

我建议在这里使用这个功能:

robust.system <- function (cmd) {
  stderrFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stderr", fileext=as.character(Sys.getpid()))
  stdoutFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stdout", fileext=as.character(Sys.getpid()))

  retval = list()
  retval$exitStatus = system(paste0(cmd, " 2> ", shQuote(stderrFile), " > ", shQuote(stdoutFile)))
  retval$stdout = readLines(stdoutFile)
  retval$stderr = readLines(stderrFile)

  unlink(c(stdoutFile, stderrFile))
  return(retval)
}

这只适用于接受>和2>符号的类似Unix的shell,而cmd参数不应重定向输出本身.但它的确如此:

> robust.system("ls -la")
$exitStatus
[1] 0

$stdout
 [1] "total 160"                                                      
 [2] "drwxr-xr-x  14 asieira  staff    476 10 Jun 18:18 ."            
 [3] "drwxr-xr-x  12 asieira  staff    408  9 Jun 20:13 .."           
 [4] "-rw-r--r--   1 asieira  staff   6736  5 Jun 19:32 .Rapp.history"
 [5] "-rw-r--r--   1 asieira  staff  19109 11 Jun 20:44 .Rhistory"    

$stderr
character(0)