访问R markdown参数文件的原始文件名
drm*_*iod 7 parameters markdown r
我想为用户提供一种定义输入文件的便捷方法。为此，我使用 markdown 中的参数功能。如果我“使用参数编织”，我会被要求提供输入文件。
有机会检索文件名吗？因为我在降价期间创建了一些不同的文件，并且我将使用输入文件的文件名作为前缀。到目前为止，文件被上传到临时目录中，原始文件名丢失了。
如何通过下拉菜单将文件名和位置获取到我的 Markdown 文档中？我不希望用户手动写入路径和文件名。
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title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
date_file:
label: "date file"
value: 'dates.tsv'
input: file
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
Filename: `r params$date_file`
您可以通过嵌入 Shiny 应用程序让用户在呈现的文档中选择文件。需要注意的是，涉及用户选择依赖性的所有表达式都必须包装在. 如果你想教授 R，这显然不是最佳选择，但如果它有帮助或激发更好的答案，这里有一个例子：reactive()
## Create a TSV file for testing
cat("x\ty\n1\t2\n3\t4\n", file = "test.tsv")
---
title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
Users can select a file by interacting with an embedded Shiny application.
```{r ui, echo=FALSE}
inputPanel(
fileInput("file", label = "Select a TSV file:", accept = ".tsv")
)
```
User input is stored in a named list-like object `input`,
but this object can only be accessed inside of a _reactive context_.
```{r test1, error=TRUE}
input$file$name
## Name of file selected by user ... _not_ an absolute or relative path
fn <- reactive(input$file$name)
fn
## Absolute path of temporary copy of file
dp <- reactive(input$file$datapath)
dp
```
Don't be misled by how `fn` and `dp` are printed. They are not
strings, but _reactive expressions_. As as a result, they, too,
must be handled inside of a reactive context.
```{r test2}
class(fn)
reactive(class(fn()))
```
Some more examples:
```{r test3, error=TRUE}
## Define reactive data
dd <- reactive(read.table(file = dp(), sep = "\t", header = TRUE))
## Do stuff with it
reactive(names(dd()))
reactive(nrow(dd()))
## Write object to file in _working directory_
reactive(saveRDS(dd(), file = sub("tsv$", "rds", fn())))
```
作为使用 Shiny 运行时的替代方案，您还可以将Shiny Gadgets与自定义 Knit 按钮行为结合使用（据我了解，这很大程度上是您使用“Knit withParameters”时发生的情况）
您需要两件事：一个运行小工具的函数，一个在编织时运行的函数。
该小工具本质上是一个 Shiny 应用程序，但您可以使用miniUI. 作为一个迷你应用程序，您可以做更多的事情，但这里是一个基本的实现。
library(shiny)
library(miniUI)
get_file_param <- function(){
ui <- miniPage(
miniContentPanel(
fileInput("dateFile", "Date File")
# ...Other UI elements to collect other parameters...
),
miniTitleBar(
NULL,
right = miniButtonBlock(
miniTitleBarCancelButton(),
miniTitleBarButton("done", "Done", primary = TRUE))
)
)
server <- function(input, output, session){
# Handle the Done button being pressed
observeEvent(input$done, {
# Return the full file info data.frame. See ?shiny::fileInput
stopApp(input$dateFile)
})
}
runGadget(
app = ui,
server = server,
viewer = paneViewer() #dialogViewer("Knit with Parameters - Custom UI")
)
}
knit 函数将调用小工具，然后在调用中使用其输出rmarkdown::render
knit_with_file <- function(input, ...){
fileInfo <- get_file_param()
rmarkdown::render(
input,
params = list(
date_file = list(name = fileInfo$name, datapath = fileInfo$datapath)
),
envir = globalenv()
)
}
要自定义编织按钮，您可以向knit文档 YAML 标头中的字段提供一个函数。R Markdown 食谱建议您将其保存在一个包中，但我将上述两个函数放在文件（“knitFx.R”）中，rmarkdown 文档将来源该文件。
---
title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
date_file: 'dates.tsv'
knit: (function(input, ...) {
source("knitFx.R")
knit_with_file(input, ...)
})
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
## R Markdown
**Original Name of Uploaded File**: *`r params$date_file$name`*
**Local Temp File Path**: *`r params$date_file$datapath`*
当用户点击“Knit”时，将显示一个用户界面来选择文件。基于上述实现，name和datapath将可在 rmarkdown 文档中使用。
这是呈现的 HTML 文档：
