在 Ubuntu 上安装 R gsl 包

Question

我无法在 ubuntu 18.04 LTS 上安装 R 软件包 gsl，并且我不明白问题所在。

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从 R 内部：

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> install.packages(\'gsl\')\n* installing *source* package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99 ...\n** package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99 successfully unpacked and MD5 sums checked\n** using staged installation\nchecking for gsl-config... /usr/bin/gsl-config\nchecking if GSL version >= 2.1... checking for gcc... gcc\nchecking whether the C compiler works... yes\nchecking for C compiler default output file name... a.out\nchecking for suffix of executables... \nchecking whether we are cross compiling... no\nchecking for suffix of object files... o\nchecking whether we are using the GNU C compiler... yes\nchecking whether gcc accepts -g... yes\nchecking for gcc option to accept ISO C89... none needed\nconfigure: error: Need GSL version >= 1.16\nERROR: configuration failed for package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99\n* removing \xe2\x80\x98/home/luca_ph/R/lib/R/library/gsl\xe2\x80\x99\n

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它说它需要 gsl 版本 >= 1.16，但是我已经安装了它：

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dpkg -s libgsl-dev | grep Version\nVersion: 2.4+dfsg-6\n

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此外，gsl-config 在 $PATH 中可用（如此处建议的那样）。

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我尝试在调用 R 时将适当的编译器参数传递给 R （如此处建议的那样），但它仍然失败：

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> gsl-config --libs\n-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas -lm\n> gsl-config --cflags\n-I/usr/include\n> CFLAGS="-I/usr/include" LDFLAGS="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas -lm" R\n> install.packages(\'gsl\')\n[...]\n* installing *source* package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99 ...\n** package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99 successfully unpacked and MD5 sums checked\n** using staged installation\nchecking for gsl-config... /usr/bin/gsl-config\nchecking if GSL version >= 2.1... checking for gcc... gcc\nchecking whether the C compiler works... yes\nchecking for C compiler default output file name... a.out\nchecking for suffix of executables... \nchecking whether we are cross compiling... no\nchecking for suffix of object files... o\nchecking whether we are using the GNU C compiler... yes\nchecking whether gcc accepts -g... yes\nchecking for gcc option to accept ISO C89... none needed\nconfigure: error: Need GSL version >= 1.16\nERROR: configuration failed for package \xe2\x80\x98gsl\xe2\x80\x99\n

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我在这里缺少什么？

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多谢！

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Answer 1

尽管出现错误消息，R 包gsl现在需要 GSL 版本 >= 2.5（请参阅此处）。尽管我能够安装最新版本的 GSL (2.7)，但我的知识不足以遵循 R 包的 INSTALL 文件中的建议：

如果 gsl R 包构建成功但无法加载，请确保通知您的系统链接器/加载器在哪里可以找到用于编译它的 GSL 库。当使用手动 GSL 安装而不是包管理器执行的安装时，可能会错过该步骤。

因此，我选择使用如何获取 GNU 软件网页中链接的 PPA 存储库，该网页提供 GSL 2.5 版本。

简而言之，我运行了这些命令来解决您描述的问题：

sudo add-apt-repository ppa:dns/gnu
sudo apt-get update
sudo apt install libgsl-dev

不能 100% 确定这是否普遍适用，但在安装新版本之前，我还必须使用该sudo apt remove命令删除以前版本的 GSL。