在 Rmarkdown 中动态创建选项卡不适用于 ggplot，但适用于plotly
sta*_*ant 6 r ggplot2 knitr r-markdown ggplotly
我一直愿意tab在rmarkdown.
我创建了一个in_tabs似乎适用于除ggplot情节之外的所有内容的方法。
它的工作方式是创建Rmd在选项卡中显示嵌套列表所需的代码。
以下可重现的示例显示了该问题：
---
title: "test"
output: html_document
---
```{r setup, include = FALSE}
library(ggplot2)
library(plotly)
l1 <- list(p1 = data.frame(x=1:10, y=1:10))
l2 <- list(p2 = data.frame(x=100:110, y=100:110))
gplot <- function(data) {
p <- ggplot(data) + aes(x=x, y=y) + geom_point() + geom_line()
return(p)
}
gplotly <- function(data) {
p <- ggplot(data) + aes(x=x, y=y) + geom_point() + geom_line()
return(ggplotly(p))
}
```
```{r, code, include = FALSE}
in_tabs <- function(l, labels = names(l), level, knit = TRUE, close_tabset = FALSE) {
if(is.null(labels)) {
stop("labels are NULL, it is required not to be so that the tabs have proper names")
}
names(l) <- labels
rmd_code <- lapply(seq_along(l), FUN = function(i) obj_to_rmd(l[[i]], name = names(l)[i], level = level + 1L))
if(isTRUE(getOption("knitr.in.progress"))) {
res <- knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE)
cat(res)
} else {
if(!knit) {
cat(unlist(rmd_code))
} else {
return(l)
}
}
if(close_tabset) {
cat(paste(get_section(level), "{.unlisted .unnumbered .toc-ignore .tabset}", "\n"))
}
}
get_section <- function(level) {
paste(rep("#", times = level), collapse = "")
}
get_tabset <- function(obj) {
ifelse(inherits(obj, "list"), "{.tabset}", "")
}
obj_to_rmd <- function(obj, parent_name = "l", name, level) {
section_code <- sprintf("%s %s %s\n", get_section(level), name, get_tabset(obj))
if(!inherits(obj, "list")) {
rmd_code <- c("```{r, echo = FALSE}\n",
sprintf("%s$`%s`\n", parent_name, name),
"```\n",
"\n")
} else {
rmd_code <- c("\n",
lapply(X = seq_along(obj),
FUN = function(i) obj_to_rmd(obj[[i]], sprintf("%s$`%s`", parent_name, name), names(obj)[i], level + 1L)))
}
return(c(section_code, rmd_code))
}
```
# plot 1 {.tabset}
```{r, plot-01, results = "asis"}
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplot), labels = names(l1), level = 1L)
```
# plot 2 {.tabset}
```{r, plot-02, results = "asis"}
in_tabs(lapply(l2, FUN = gplot), labels = names(l2), level = 1L)
```
# plot 3 {.tabset}
```{r, plot-03, results = "asis"}
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplotly), labels = names(l1), level = 1L)
```
# plot 4 {.tabset}
```{r, plot-04, results = "asis"}
in_tabs(lapply(l2, FUN = gplotly), labels = names(l2), level = 1L)
```
我得到的输出是：
您可以看到第一个图实际上与第二个图相同的问题，但它不应该！
当使用plotly（或我测试过的任何其他东西）时，它按预期工作，如图 3 和 4 所示
你能帮我解决这个问题吗？我很高兴测试接收到的对象的类obj_to_rmd。
PS：rmd代码in_tabs生成可以通过运行看到in_tabs(..., knit = FALSE)。例如
in_tabs(lapply(l1, FUN = gplot), labels = names(l1), level = 1L, knit = FALSE)
## p1
```{r, echo = FALSE}
plot(l$`p1`)
```
我不能 100% 确定所有细节，因此您必须记住，答案可能涉及一些猜测。
当编织文档时，knitr运行ggplot2代码并将结果图保存为文件名png，其中文件名是块的名称。
据我通过检查（通过添加到 YAML）md生成的文件得到的信息，您的代码的问题是，“所有”图都保存在相同的文件名下，即您的两个 ggplot 块在最终中看起来像这样：knitrkeep_md: trueunnamed-chunk-1-1.pngmd
<!-- -->
通过查看figure-html仅包含一个 .txt 文件的文件夹也可以看出这一点png。
换句话说，您的代码基本上可以正常工作，但是您将永久覆盖 s，png因此您最终会得到一个仅显示最后保存的绘图的文档。这也是您的代码有效的原因，ggplotly在这种情况下，渲染图表所需的 HTML/JS 代码会直接添加到文件中md。
在正常情况下，knitr确保所有绘图都以唯一的文件名保存。我只能猜测为什么在你的情况下会失败。我的猜测是，问题是您在调用时分别编织每个块knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE)，即每个未命名的块都具有相同的名称，并且每个 ggplot 相应地保存在相同的文件名下。
话虽如此，为了达到您想要的结果，您可以为每个动态代码块添加唯一的名称，以便每个图都保存在唯一的文件名下。
作为一个快速解决方案，我id向您的in_tabs和obj_to_rmd函数添加了一个参数。如果in_tabs是id简单的主文档中块的标识符，而如果是，obj_to_rmd我还通过以下方式添加列表元素的标识符id = paste(id, i, sep = "-")：
---
title: "test"
output:
html_document:
keep_md: true
---
```{r setup, include = FALSE}
library(ggplot2)
library(plotly)
d1 <- data.frame(x = 1:10, y = 1:10)
d2 <- data.frame(x = 100:110, y = 100:110)
l1 <- list(p1 = d1)
l2 <- list(p1 = d2, p2 = d1)
gplot <- function(data) {
ggplot(data) +
aes(x = x, y = y) +
geom_point() +
geom_line()
}
```
```{r, code, include = FALSE}
in_tabs <- function(l, labels = names(l), level, knit = TRUE, close_tabset = FALSE, id) {
if (is.null(labels)) {
stop("labels are NULL, it is required not to be so that the tabs have proper names")
}
names(l) <- labels
rmd_code <- lapply(seq_along(l), FUN = function(i) obj_to_rmd(l[[i]], name = names(l)[i], level = level + 1L, id = paste(id, i, sep = "-")))
if (isTRUE(getOption("knitr.in.progress"))) {
res <- knitr::knit(text = unlist(rmd_code), quiet = TRUE)
cat(res)
} else {
if (!knit) {
cat(unlist(rmd_code))
} else {
return(l)
}
}
if (close_tabset) {
cat(paste(get_section(level), "{.unlisted .unnumbered .toc-ignore .tabset}", "\n"))
}
}
get_section <- function(level) {
paste(rep("#", times = level), collapse = "")
}
get_tabset <- function(obj) {
if (inherits(obj, "list")) "{.tabset}" else ""
}
obj_to_rmd <- function(obj, parent_name = "l", name, level, id) {
section_code <- sprintf("%s %s %s\n", get_section(level), name, get_tabset(obj))
if (!inherits(obj, "list")) {
rmd_code <- c(
sprintf("```{r plot-%s, echo = FALSE}\n", id),
sprintf("%s$`%s`\n", parent_name, name),
"```\n",
"\n"
)
} else {
rmd_code <- c(
"\n",
lapply(
X = seq_along(obj),
FUN = function(i) obj_to_rmd(obj[[i]], sprintf("%s$`%s`", parent_name, name), names(obj)[i], level + 1L)
)
)
}
return(c(section_code, rmd_code))
}
```
# plot 1 {.tabset}
```{r, plot-01, results = "asis"}
p1 <- lapply(l1, FUN = gplot)
in_tabs(p1, labels = names(l1), level = 1L, id = 1)
```
# plot 2 {.tabset}
```{r, plot-02, results = "asis"}
p2 <- lapply(l2, FUN = gplot)
in_tabs(p2, labels = names(l2), level = 1L, id = 2)
```
