从 Apt 存储库安装特定版本的 R

Question

R 志愿者目前维护 R ~3.5 和 ~4.0 的 Ubuntu 软件包存储库。对于仿生海狸，这些是：

• https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/bionic-cran35/
• https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/bionic-cran40/

我正在构建单独的 Singularity 容器，我需要在其中安装非常特定版本的 R；这些存储库似乎提供了这些内容。具体来说，我希望构建包含 R 版本 3.6.1、4.0.3 和 4.1.0 的容器；每个版本一个容器。

我在容器构建脚本中执行此操作，首先添加适当的 Apt 源，然后使用固定版本运行安装。我注意到，只有使用包存储库中列出的精确版本号并且包含r-recommended在同一版本中，我才能让它运行。例如，对于 R 3.6.1：

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic r-recommended=3.6.1-3bionic

这将正确安装r-base并r-recommended在给定的版本上。然而，当我运行容器化 R 时，R 实际上报告自己处于这些存储库提供的最新版本（分别为 3.6.3、4.1.0 和 4.1.0）。据推测，如果r-base是正确的，这甚至可能表明它们处于破碎状态。

查看 Apt 的输出，很明显许多其他r-*软件包默认为最新版本，而不是我指定的版本。为了解决这个问题，我尝试在所有默认为最新版本的包上显式设置版本。再次以 R 3.6.1 为例：

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic \
               r-base-core=3.6.1-3bionic \
               r-base-dev=3.6.1-3bionic \
               r-base-html=3.6.1-3bionic \
               r-doc-html=3.6.1-3bionic \
               r-recommended=3.6.1-3bionic

然而，这不起作用，抱怨与它尝试安装的其他包（r-cran-*packages，IIRC）发生冲突。

我不知道这是 Apt 的东西、R 的东西还是与他们的存储库有关的东西。有没有办法可以从官方来源安装这些特定版本，而无需自己构建任何东西？（如果不是，他们将旧版本保留在存储库中有何意义？）

Answer 1

感谢 @Chris 的提示，了解所述 R 包的结构非常重要。

r-base是一个元包，其中包括r-base-core和 等r-recommended。r-recommended是另一个元包，其中包含一套推荐的 R 包，在尝试固定版本时会引入不兼容性。

对于固定到特定的 R 二进制文件和文档${VERSION}，这将起到作用：

apt install -y --no-install-recommends \
  r-base-core=${VERSION} \
  r-base-html=${VERSION} \
  r-doc-html=${VERSION}

如果您想构建软件包，您也需要r-base-dev=${VERSION}在那里。