Docker 容器内的 Micromamba

Question

我有一个基本的 Docker 镜像：

FROM ubuntu:21.04

WORKDIR /app

RUN apt-get update && apt-get install -y wget bzip2 \
    && wget -qO-  https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba \
    && touch /root/.bashrc \
    && ./bin/micromamba shell init -s bash -p /opt/conda  \
    && cp /root/.bashrc /opt/conda/bashrc \
    && apt-get clean autoremove --yes \
    && rm -rf /var/lib/{apt,dpkg,cache,log}

SHELL ["bash", "-l" ,"-c"]

并从中派生出另一个：

ARG BASE
FROM $BASE

RUN source /opt/conda/bashrc && micromamba activate \
    && micromamba create --file environment.yaml -p /env

在构建第二个映像时，我收到以下错误：micromamba: command not found对于 RUN 部分。

1. 如果我手动运行第一个基本映像，我可以启动 micromamba，它运行正常
2. 我可以运行为第二个映像构建创建的临时映像，micromamba 可通过 CLI 获得，并且运行正确。
3. 例如，如果我继承 debian:buster 或 alpine，那么它的构建就非常完美。

Ubuntu有什么问题吗？micromamba为什么在第二个 Docker 镜像构建过程中看不到？

PS使用脚手架进行构建，因此可以正确理解它在哪里$BASE以及它是什么。

Answer 1

ubuntu:21.04 映像附带一个/root/.bashrc以以下内容开头的文件：

# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples

# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return

当第二个 Dockerfile 执行时RUN source /opt/conda/bashrc，PS1 未设置，因此 bashrc 文件的其余部分不会执行。bashrc 文件的其余部分是进行初始化的地方，包括用于激活 micromamba 环境的 bash 函数micromamba的设置。micromamba

debian:buster 镜像较小/root/.bashrc，没有类似的行[ -z "$PS1" ] && return，因此该micromamba函数被加载。

alpine 图像没有附带 a /root/.bashrc，因此它也不包含提前退出文件的代码。

如果你想使用 ubuntu:21.04 镜像，你可以先修改 Dockerfile，如下所示：

FROM ubuntu:21.04

WORKDIR /app

RUN apt-get update && apt-get install -y wget bzip2 \
    && wget -qO-  https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba \
    && touch /root/.bashrc \
    && ./bin/micromamba shell init -s bash -p /opt/conda  \
    && grep -v '[ -z "\$PS1" ] && return' /root/.bashrc  > /opt/conda/bashrc   # this line has been modified \
    && apt-get clean autoremove --yes \
    && rm -rf /var/lib/{apt,dpkg,cache,log}

SHELL ["bash", "-l" ,"-c"]

这将删除导致提前终止的一行。

或者，您可以使用现有的mambaorg/micromamba docker 镜像。它mambaorg/micromamba:latest基于 debian:slim，但mambaorg/micromamba:jammy会给你一个基于 ubuntu 的镜像（披露：我维护这个镜像）。