从 Singularity 容器访问主机 Python 虚拟环境

Question

我有一个 Singularity 容器，其中安装了许多工具以及 Python 和 Jupyter。但我想在使用 Singularity 中的其他工具时访问我为 python 创建的外部虚拟环境。原因是我正在尝试不同的 python 包，如果没有“sudo”权限，这些包无法安装到 Singularity 容器中。由于 sudo 权限，我无法在主机上安装其他工具。

我能够激活虚拟环境，但无法使用它：当我运行 pip 命令或 Jupyter lab 时出现此错误。

bash: /home/username/virtual-env/bin/pip: /home/username/virtual-env/bin/python: bad interpreter: No such file or directory

我想从从 Singularity 容器运行的虚拟环境运行 Jupyter 实验室。

Answer 1

我已经成功地在激活容器时将主机中的某些 bin 目录安装到 Singularity 容器中的目录上，从而可以从容器内进行访问。

示例：/data从主机挂载到/mntinmy_container

$ singularity shell --bind /data:/mnt my_container.sif

资料来源：奇点文档

幸运的是，主机上的 bin 自动映射到管理员配置的某些 Singularity 容器挂载点。

因此，如果您的管理员不允许您绑定路径，一种解决方法可能是在主机上自动绑定的目录（即 、 、 、 、 ）中创建符号链接（指向您$HOME需要/tmp的/procbin /sys）/dev。