安装新版本 R 后恢复所有 R 包？

Question

当您进行更新时，当某些软件包打开但其余软件包（或其他来源）R打开时，重新安装和更新先前R版本上已安装的所有软件包的最佳方法是什么？CRANgithub

过去，我遵循以下方法：

打开旧版本R（例如R 3.6）并复制所有已安装的软件包：

installed <- as.data.frame(installed.packages())
#save a copy
write.csv(installed, 'previously_installed.csv')

然后安装并打开新版本R（例如R 4.1），读取旧包名称并安装（从默认值CRAN：）：

previously_installed <- read.csv('previously_installed.csv')
package_list <- as.character(previously_installed$Package)
package_list

install.lib <- package_list[!package_list %in% installed.packages()]   
for(lib in install.lib) install.packages(lib, dependencies = TRUE)

这非常有效，但只会安装已打开的软件包，因此不会安装CRAN所有已打开的软件包。github有没有办法自动安装这些软件包github？

您可以找出哪些软件包未安装（例如剩余的github软件包）：

git_packages_not_installed <- install.lib[!install.lib %in% installed.packages()] 

我认为您需要知道作者姓名才能安装所有github软件包，所以我不确定如何自动执行此操作（例如devtools::install_github("DeveloperName/PackageName")。我知道您可以提供两个存储库选项，但我不确定这是否有帮助或参见此处。

在这种情况下，最佳实践是什么？

谢谢

Answer 1

如果您只使用 CRAN 软件包，我的建议与 @CaptainHat 的建议类似，但需要一个额外的步骤：首先将所有旧软件包复制到新位置，然后调用update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE). 这将更新为不兼容的早期 R 版本构建的包。（仅复制尚不存在的包。如果复制基础包，则会破坏 R。）

不幸的是，它不知道如何更新从 Github 安装的软件包。我相信remotes::update_packages()应该能够处理这些，但我从未真正尝试过。

Answer 2

不要删除旧的“库”文件夹，并将内容复制到新的“库”文件夹中。

例如。将 的内容复制C:\Program Files\R\R-4.0.2\library到C:\Program Files\R\R-4.0.3\library. 这就是 R 寻找它们的地方。