创建Conda环境失败状态：143

Question

我试图通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道，但是当我这样做时，它失败了，因为它无法创建 Conda 环境。

尽管环境设置不正确，但它看起来仍然尝试运行管道，因此会生成错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误消息：

Error executing process > 'my_process (1)'
Caused by:
  Failed to create Conda environment
  command: conda env create --prefix /my_file_path-6bf38a923b48a255f96ea3d66d372e6c --file /my_file_path/environment.yml
  status : 143
  message:

这是我的environment.yml 文件：

name: pipeline_name
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - filtlong
  - blast==2.5
  - minimap2 
  - samtools 
  - pysam 
  - pandas 
  - matplotlib 
  - pysamstats
  - seaborn 
  - medaka
  - bedtools
  - bedops
  - seqtk
  - bioawk
  - sniffles

Answer 1

不是这个问题的答案，但如果您遇到类似的失败且退出状态不同（120，而不是 143），请尝试此线程中的修复。在这里重新发布：

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文件中的 conda 环境无法使用 nextflow \xc2\xb7 问题 #1081 \xc2\xb7 nextflow-io/nextflow：https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1081

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pditommaso 于 2019 年 3 月 18 日发表评论
\n120 退出状态表明\n已达到创建超时。尝试增加它，例如。

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conda.createTimeout = \'1 h\'

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