在 Mac osx 上通过 anaconda 使用 Python 3.8 和 R 版本 4.0.2 安装 rpy2 时遇到困难

Question

我以前从未在 python 中使用过 R 代码，但想这样做是为了实现一些泊松回归模型。这样做的原因是效率（泊松回归的 R 代码效率更高）。我尝试通过在终端中输入以下内容来安装 rpy2：

conda 安装-cr rpy2

我也尝试使用 pip install 但没有成功。当我尝试在终端中运行它时，它会在终端本身返回以下错误：

解决环境：current_repodata.json 中的 repodata 失败，将使用下一个 repodata 源重试。收集包元数据 (repodata.json)：已完成 解决环境：初始冻结解决失败。使用灵活的解决方案重试。解决环境： / 发现冲突！寻找不兼容的包。这可能需要几分钟的时间。按 CTRL-C 中止。失败的

UnsatisfiableError：发现以下规范与您环境中现有的 python 安装不兼容：

规格：

• rpy2 -> python[版本='2.7. |3.5。|3.6。|>=2.7，<2.8.0a0|>=3.5，<3.6.0a0|>=3.6，<3.7.0a0|>=3.7，<3.8.0a0|3.4。|3.3.*']

你的Python：python=3.8

如果 python 位于链的最左侧，则这就是您要求的版本。当 python 出现在右侧时，表明左侧的内容在某种程度上不适用于您所限制的 python 版本。请注意，除非您明确指定，否则 conda 不会将您的 python 版本更改为不同的次要版本。

使用 pip install 并运行一些引用 rpy2 模块的代码后，我收到以下错误：

import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.vectors import StrVector


package_names = ('stats')

if all(rpackages.isinstalled(x) for x in package_names):
    have_package = True

else: 
    have_package = False

if not have_package: 
    utils = rpackages.importr('utils')
    utils.chooseCRANmirror(ind=1)
    
    packnames_to_install = [x for x in package_names if not rpackages.isinstalled(x)]
    
    if len(packnames_to_install) > 0: 
        utils.install_packages(StrVector(packnames_to_install))

OSError：无法加载库“/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib”：dlopen（/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib，2）：未加载库：@rpath/libreadline.6.2.dylib 引用自：/Users/name/opt/anaconda3/lib/R/lib/libR.dylib 原因：找不到图像

NameError：名称“rpackages”未定义

有谁知道如何在 python 3.8 中成功使用 rpy2 ？这似乎是 anaconda 的常见问题，但我在网上找不到任何可行的解决方案。非常感谢您提供的任何帮助！

Answer 1

rpy2 在 conda 的默认通道中不可用。尝试：

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    conda install -c conda-forge rpy2\n

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它使用 conda-forge 通道。

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编辑：实际上，我发现最好的方法是：

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1. 使用 miniconda 发行版。

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2. 创建特定于项目的 conda 环境。

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3. 激活这个环境。

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4. 安装 conda 默认通道中可用的所有 conda 软件包。

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5. 然后

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    pip install rpy2\n

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有关更多详细信息：https ://www.anaconda.com/blog/using-pip-in-a-conda-environment

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