当any(is.na(counts)) = FALSE时，DESeq2“不允许NA值”错误

Question

我有一个计数矩阵，其中包含 NA 值。

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我使用将它们设置为 0

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counts[is.na(counts)] <- 0\n

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然后成功将它们设置为 0，我可以看到这一点。

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但是当我尝试使用时

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DESeqDataSetFromMatrix(counts, colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)\n

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我收到错误

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Error in validObject(.Object) : invalid class \xe2\x80\x9cDESeqDataSet\xe2\x80\x9d object: NA values are not allowed in the count matrix\n

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这看起来很清楚，但我不明白，因为我将所有 NA 值设置为 0，现在如果我这样做

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any(is.na(counts))\n

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我得到了假。

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非常感谢任何帮助，谢谢！

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Answer 1

如果你只有 NA，它应该可以工作。

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library(DESeq2)\n\ncounts = matrix(rnbinom(1000,mu=50,size=1),100,10)\ncolnames(counts) = paste0("c",1:10)\ncounts[sample(length(counts),10)] = NA\ncounts[is.na(counts)] <- 0\n\nDESeqDataSetFromMatrix(counts, colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)\n

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如果你有无限的值，它会给你一个稍微不同的错误：

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counts = matrix(rnbinom(1000,mu=100,size=1),100,10)\ncolnames(counts) = paste0("c",1:10)\ncounts[1] = 2.5e9\n\nDESeqDataSetFromMatrix(counts, colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)\n

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它看起来像这样：

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converting counts to integer mode\nError in validObject(.Object) : \n  invalid class \xe2\x80\x9cDESeqDataSet\xe2\x80\x9d object: NA values are not allowed in the count matrix\nIn addition: Warning message:\nIn mde(x) : NAs introduced by coercion to integer range\n

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出现错误是因为您无法将大数转换为整数：

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max(counts)\n[1] 8007375876\n\nas.integer(max(counts))\n[1] NA\nWarning message:\nNAs introduced by coercion to integer range \n

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这小于允许的最大值：

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.Machine$integer.max\n[1] 2147483647\n

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出于分析目的，由于您对基因之间的差异更感兴趣，一种方法是缩小矩阵

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DESeqDataSetFromMatrix(round(counts/2), colData = data.frame(colnames(counts)), design = ~1)\n

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