与 anaconda 的包冲突

Question

我试图使用 Anaconda 在本地 Ubuntu 上获取一个名为 BEAST 的程序，但收到以下消息：

Package libgcc-ng conflicts for: 
beast2 -> beagle-lib -> libgcc-ng[version='>=4.9|>=7.3.0|>=7.2.0'] 
python=3.7 -> libgcc-ng[version='>=7.2.0|>=7.3.0']

我以为我有 Anaconda 来摆脱包冲突

这个冲突意味着什么？

似乎两个程序对包版本的优先级不同，那又怎样呢？难道这两个程序不能以不同的优先顺序继续它们的生活吗？

顺便说一句：我该如何解决这个问题？

编辑：

 conda create -n test python=3.7 beast2

给了我这个：

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

Package libffi conflicts for:
python=3.7 -> libffi[version='>=3.2.1,<3.3a0|>=3.3,<3.4.0a0']
beast2 -> gettext[version='>=0.19.8.1,<1.0a0'] -> libffi[version='>=3.2.1,<3.3a0']

Answer 1

总长DR

conda create -n beast -c conda-forge -c bioconda python=3.7 beast2

加长版

通过告诉 conda 它可以访问 conda-forge，它有一些额外的选项来解决依赖冲突。然而，这并不能真正解释为什么会发生这种情况：

$ conda create -n beast python=3.7 libgcc-ng=7.3 libstdcxx-ng=7.3
$ activate beast
$ conda install -c bioconda beast2
Package libstdcxx-ng conflicts for:
python=3.7 -> libstdcxx-ng[version='>=7.2.0|>=7.3.0']
beast2 -> beagle-lib -> libstdcxx-ng[version='>=7.3.0|>=7.5.0']

目前尚不清楚为什么这些依赖项不满足，因为我们已经安装了 libstdcxx-ng 版本 7.3。

选择

如果您使用mamba来创建环境，您会得到稍微更有帮助的反馈：

$ conda install mamba
$ mamba create -n beast-mamba python=3.7 beast2
...
Problem: nothing provides requested beast2
...
$ mamba create -n beast-mamba -c bioconda python=3.7 beast2
...
Encountered problems while solving.
Problem: nothing provides openjdk 8.0* zulu8* needed by beast2-2.4.5-0
...
$ mamba create -n beast-mamba -c bioconda -c conda-forge python=3.7 beast2
...
Success