那些遇到过的问题

经过一系列更新后，Rcpp 无法编译 C++ 代码

Ale*_*x L 5 macos r clang

我希望使我的操作系统、R 和 R 软件包保持最新。我不知不觉地升级到 OSX 10.15.6 并升级到 R 4.0.2，陷入了深渊。目前，Rcpp无法编译 C++ 代码，我认为这会导致某些软件包的 CRAN 安装失败（例如glmmTMB），并且还会导致从源安装失败。我将描述我所做的事情，希望有人能够阐明解决方案。

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粗略地说，这就是我所做的：

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  1. 已安装 OSX 10.15.6
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我不记得日期了，但那是最近的事。我不知道这与问题有多密切相关，我在安装之前rstan需要的其他 R 软件包（例如）时遇到问题。Rcpp

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  1. glmmTMB尝试运行一些旧模型时遇到问题
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确切的错误与此问题相同。我遵循了该线程上的各种解决方案，但无济于事。也许最令人沮丧的是当尝试从源代码安装时，它无法编译一些 C++。

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这不是我第一次看到类似的错误。当我尝试安装时发生了类似的情况，因此我在类似问题rstan下向他们的存储库寻求一些帮助。没有任何帮助。

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这是 R 3.6 上的，所以我想也许值得更新 R 和glmmTMB. 在执行此操作之前，我想安装 Xcode，而不仅仅是安装命令行开发工具，希望安装后能够确保我能将与 clang 和 c++ 编译器相关的所有内容都解决掉。

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  1. 安装了 Xcode 以帮助设置基线 C++ 环境
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相对轻松，我能够构建和编译相当简单的 C++ 项目。

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  1. 已安装 R 4.0.2
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我从 r-project 站点安装了 R-4.0.2.pkg，没有出现任何问题，并且使用默认安装设置。根据R 项目工具网站，我对安装 Xcode 感到放心，并继续安装 GNU Fortran 8.2 安装程序。

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  1. 遵循 @coatless\'s 指南安装 Rcpp
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发现了本指南并遵循了每个步骤（与 相关的步骤除外）xcode-select。

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  1. 从指南测试 Rcpp 和 RcppArmadillo
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最后步骤之一是通过简单的helloworld.cpp测试来测试安装。由于此错误而失败（为清楚起见进行了删节）：

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> Rcpp::sourceCpp("~/Documents/BergenLab/nlp_cancer_metaphor/helloworld.cpp")\nIn file included from helloworld.cpp:1:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppArmadillo/include/RcppArmadillo.h:31:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppArmadillo/include/RcppArmadilloForward.h:26:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include/RcppCommon.h:29:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/r/headers.h:67:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include/Rcpp/platform/compiler.h:100:\n/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/cmath:317:9: error: no member named \'signbit\' in the global namespace\nusing ::signbit;\n      ~~^\nfatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]\n20 errors generated.\nmake: *** [helloworld.o] Error 1\nclang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I../inst/include   -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppArmadillo/include" -I"/Users/alex/Documents/BergenLab/nlp_cancer_metaphor" -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include   -fPIC  -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -c helloworld.cpp -o helloworld.o\nError in Rcpp::sourceCpp("~/Documents/BergenLab/nlp_cancer_metaphor/helloworld.cpp") : \n  Error 1 occurred building shared library.\n
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)\n
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  1. 尝试调试Rcpp无果
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发现了一些有些相关的报告，例如Packages Cannot build from source due to math.h not find、Rcpp does\t under macOS、 math.h not find、Source Cpp file failed due to math.h not find和Cannot compile更新到 macOS Catalina 后，R 会使用 C++ 代码进行打包。

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这些答案中的解决方案都没有任何帮助。给我反馈的唯一解决方案是使用installer安装macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg，随后给了我installer: Error - the package path specified was invalid（不知道这有什么影响）。

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  1. 从源安装glmmTMB失败
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上述问题的解决方案之一glmmTMB建议从源代码安装。这是我尝试时出现的错误：

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* installing *source* package \xe2\x80\x98glmmTMB\xe2\x80\x99 ...\n** package \xe2\x80\x98glmmTMB\xe2\x80\x99 successfully unpacked and MD5 sums checked\n** using staged installation\n** libs\nclang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I\'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/TMB/include\' -I\'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppEigen/include\' -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include   -fPIC  -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -c glmmTMB.cpp -o glmmTMB.o\nIn file included from glmmTMB.cpp:1:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/TMB/include/TMB.hpp:53:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1:\nIn file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/RcppEigen/include/Eigen/Core:96:\nIn file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/complex:245:\n/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/cmath:317:9: error: no member named \'signbit\' in the global namespace\nusing ::signbit;\n      ~~^\nfatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]\n13 warnings and 20 errors generated.\nmake: *** [glmmTMB.o] Error 1\nERROR: compilation failed for package \xe2\x80\x98glmmTMB\xe2\x80\x99\n* removing \xe2\x80\x98/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/glmmTMB\xe2\x80\x99\n* restoring previous \xe2\x80\x98/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/glmmTMB\xe2\x80\x99\nWarning in install.packages :\n  installation of package \xe2\x80\x98glmmTMB\xe2\x80\x99 had non-zero exit status\n
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)\n
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总的来说，我仍然无法运行我的模型（并且我认为也glmmTMB无法构建）。rstan我的 c++ 编译器的某些部分必须关闭，但我是 c++ 初学者，不确定如何解释我遇到的错误。头文件有问题，但看起来可能不是因为math.h丢失（就像大多数其他帖子一样）。不言而喻，但任何帮助将不胜感激！

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编辑1

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我试图缩小错误范围，因此按照 @coatless 指南中的每个步骤进行操作，完全按照其中列出的内容并根据 R 安装文档进行操作。我的具体步骤：

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  1. 已删除gfortran 8.2。删除了~/.Renviron和~/.R/Makevars。使用 .Rstudio 取消这两个文件的链接unlink()。

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  2. Ran xcode-select --install，返回“使用“软件更新”安装更新”。因此，softwareupdate --list估计没有什么需要更新的。无论如何，我卸载了命令行工具并sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools使用xcode-select \xe2\x80\x94install. 到目前为止，一切都按预期进行。gcc和 都可以毫无问题地编译小型 C++ 程序clang++。

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  3. 根据R手册，从https://mac.r-project.org/libs-4/，我安装了pcre2-10.34-darwin.17-x86_64.tar.gz， xz-5.2.4-darwin.17-x86_64.tar.gz，readline-5.2.14-darwin.17-x86_64.tar.gz到/usr/local。这里没有什么大问题，尽管我不太确定如何验证这些是否按预期工作。

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    4. \n

  4. 在 RStudio 中重新启动 R 会话。

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  5. 安装了 Rcpp 和 RcppArmadilloinstall.packages(c(\xe2\x80\x98Rcpp\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98RcppArmadillo\xe2\x80\x99))

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    6. \n

  6. ~/helloworld.cpp使用评论中提到的幻灯片 15 中的代码创建了一个。

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  7. 运行Rcpp::sourceCpp("~/helloworld.cpp")失败，并出现帖子正文中提到的确切错误。同样evalCpp()失败并出现类似错误。

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    8. \n
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Ale*_*x L 3

经过一番挖掘后，发现这个问题既不是glmmTMB、Rcpp也不是任何高级别的问题。据我了解：当R用来Rcpp编译c++代码时，一组特定的参数被传递给系统c++编译器。就我而言，这个编译器是 clang++，因为我刚刚安装了 Xcode。C++ 编译器依赖于一组按正确顺序包含的C++ 头文件。似乎我的顺序不正确，从而导致了一系列有关“缺少模板定义”的错误。

我考虑更改包含的顺序，但找不到任何直接的解决方案。我知道这Rcpp是调用 clang++ 的一个非常具体的参数数组，所以我研究了如何阐明答案。我查看了 clang++ 的手册来弄清楚它的-isysroot含义-I，并觉得它们可能在重新配置系统头文件的编译方式方面发挥作用。从下面的线程之一中，我发现了 Makefile $(R RHOME)/etc/Makeconf，并继续将 OSX SDK 的目录从我认为是命令行工具路径更改为 Xcode 路径。这似乎解决了问题。

我曾经找到此解决方案的一些线程：Cannot compile R packages with c++ code after update to macOS Catalina and Catalina C++:Using <cmath> headers yield error: no member named 'signbit' in the global namespace。

对我有用的：

  1. 注意当前头文件搜索

从clang++ -Wp,-v -E -：

#include <...> search starts here:
 /usr/local/include
 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/11.0.3/include
 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include
 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/include
 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks (framework directory)
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  1. 记下 OSX SDK 路径

从xcrun --show-sdk-path：

/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk
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  1. 修改R配置

使用vim $(R RHOME)/etc/Makeconf，将CPPFLAGS标志更改为：

CPPFLAGS = -isysroot /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include
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请注意这个 SDK 目录是如何在步骤 2 中找到的。这显然清理了 SDK 头文件包含的位置和顺序。

  1. glmmTMB从源重新安装

FreeADFunObject我在尝试拟合模型时仍然看到错误glmmTMB，所以我回到这个 GH 线程并遵循第一个建议：从源代码重新安装。这之前不起作用，因为我需要正确设置的 C++ 配置，我在最后两个步骤中修复了该配置。

因此，install.packages("glmmTMB", type="source")安装没有问题，我现在可以构建和拟合glmmTMB模型。

为了后代：

> sessionInfo()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.6

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
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最近记录：

5 年，1 月 前
Catalina C ++：使用&lt;cmath&gt;标头会产生错误：全局命名空间中没有名为“ signbit”的成员 8
更新到macOS Catalina后无法使用C ++代码编译R软件包 3
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