在 Ubuntu 上安装软件包需要很长时间

Question

我使用 Windows 作为操作系统，RStudio 用于 Windows，今天切换到 Ubuntu 并再次安装了 R 和 RStudio。tidyverse当我尝试使用 CRAN（仅！）安装一些软件包时install.packages()从 CRAN 安装一些软件包时，我在控制台上看到了一些我在 Windows 上从未见过的东西，它看起来像这样；

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* installing *source* package \xe2\x80\x98data.table\xe2\x80\x99 ...\n** package \xe2\x80\x98data.table\xe2\x80\x99 successfully unpacked and MD5 sums checked\n** using staged installation\ngcc -std=gnu99 9.3.0\nzlib 1.2.11 is available ok\nOpenMP supported\n** libs\ngcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o\ngcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c between.c -o between.o\n

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然后它继续这样，安装过程比我在 Windows 上遇到的时间要长得多。（tidyverse其中包括大约7个包裹耗时30分钟）

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这是正常的吗？如果不是，我该如何解决？

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Answer 1

帮助解决问题的评论摘要。

一般来说，linux中默认的安装方式是type="source"，这意味着任何带有非R源代码（例如C++、Fortran）的包都需要编译。此外，CRAN 及其所有存储库镜像仅提供 Windows 和 Macos 二进制包。

除了默认方式之外，在 Linux 上安装二进制包似乎有两种方法：

1. @duckmayr 建议阅读https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html（其他 Linux 发行版也有类似的页面），了解如何设置 CRAN2deb4ubuntu PPA，以便可以操作系统级软件管理apt（及相关工具）。这些 ubuntu/debian 软件包维护得很好并且相当最新，尽管不像直接更新到 CRAN 服务器那么频繁。

   install.packages("tidyverse")但是，您可以简单地运行二进制安装来代替长时间运行的 R 命令，效果相同：

   $ sudo apt-get install r-cran-tidyverse
   

   不幸的是，PPA 并不包括提供给 CRAN 的每一个贡献包（因为这需要 PPA 维护者方面付出巨大的努力，试图跟上 CRAN 每天对新包和包更新的冲击……仅测试听起来就很不错了禁止）。（建议的数字是 PPA 中的 4000 多个软件包，其中 CRAN 的 16,278 个软件包（截至 30 秒前）。

2. 最近添加到存储库场景的是 RStudio 的公共包管理器。在最近的一篇博客文章中，RStudio 宣布它（至少）具有三个基本功能：

   • install.packages通过...访问 Linux 上的预编译包
   • CRAN 的历史检查点可实现可重复的工作......
   • 扩展了 Windows 对旧版本 R 的支持...

   （这只是博客文章的一小部分，我建议您阅读原文以获取更多详细信息和上下文。）

   快速搜索（Ubuntu 20.04 Focal 的软件包）显示：15,217 个二进制软件包和 16,216 个源软件包。

   借用 RStudio 的“设置”页面，对于 Ubuntu 20.04 Focal，您可以将其设置为您的存储库：

   options(repos = c(PkgMgr="https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))
   

   （我将其命名为“PkgMgr”，这是任意的。您可能想要/需要更多存储库，请参阅?options和?setRepository。这只是一个示例，为方便起见而提供；请参阅 RStudio 文档，了解如何为您的 R 设置安装。）