如何使用 glmmTMB 的预测函数拟合置信区间

Question

我正在使用 glmmTMB 包运行混合模型，并使用预测函数使用以下代码计算预测平均值：

运行模型

model_1 <- glmmTMB(Step.rate ~ Treatment*Week + 
    (1|Treatment.Group/Lamb.ID) +  (1|Plot),
     data = data.df, family = nbinom1) 

创建新的数据框

new.dat <- data.frame(Treatment = data.df$Treatment,
                      Week = data.df$Week, Plot = data.df$Plot, 
                      Treatment.Group = data.df$Treatment.Group,
                      Lamb.ID = data.df$Lamb.ID) 

预测平均值

new.dat$prediction <- predict(model_1, new.data = new.dat, 
       type = "response", re.form = NA) 

这段代码工作正常，但是当我添加Interval =“confidence”来计算置信区间时，它似乎不起作用。R 忽略代码的最后部分，仅计算预测平均值。

new.dat$prediction <- predict(model_1, new.data = new.dat, 
     type = "response", re.form = NA, intervals = "confidence")

为什么间隔=“置信度”不起作用？这可能是与 glmmTMB 包相关的问题吗？

Answer 1

您可以使用该参数se.fit = TRUE来获取预测值的标准误差，然后使用它们来计算置信区间。

https://www.rdocumentation.org/packages/glmmTMB/versions/1.0.2.1/topics/predict.glmmTMB