R 中的 Python - 错误：找不到 /usr/bin/python 的 Python 环境

Question

我不明白 R 如何处理 Python 环境和 Python 版本并不断收到错误Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python。我安装了 Miniconda 并在 shell 中创建了一个 conda 环境：

conda activate r-reticulate

然后，在 R 中，我尝试安装 keras（与包 tensorflow 相同的问题）：

library(keras)
reticulate::use_condaenv()
install_keras(method = "conda", conda = reticulate::conda_binary())

...并得到以下错误：

Error: could not find a Python environment for /usr/bin/python

我试图弄清楚 Python R 应该使用什么

reticulate::py_config()

并得到

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.16 (default, Jul  5 2020, 02:24:03)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 11.0.3 (clang-1103.0.29.21) (-macos10.15-objc-
numpy:          /Users/bestocke/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.6
tensorflow:     [NOT FOUND]

python versions found: 
 /usr/bin/python3
 /usr/local/bin/python3
 /usr/bin/python

我不明白这个。这似乎是使用 Python 2.7。当试图找出 shell 中正在使用哪个 Python 时，我得到：

> which python
/opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python

和

> ls -l /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python
lrwxr-xr-x  1 username  wheel  9 Aug  2 15:21 /opt/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python -> python3.6

建议使用 Python 3.6。

我在这里出了什么问题？

Answer 1

尝试按照https://tensorflow.rstudio.com/installation/ 上的指南进行操作：

在您的 R-studio 控制台中：

1. install.packages(tensorflow)

2. library(tensorflow)

3. install_tensorflow()

如果您尚未手动安装 Anaconda / Miniconda，则在步骤 no. 3、提示会询问您是否允许安装Miniconda。如果您已经conda安装，则：

1. r-reticulate在 conda 中创建新环境：conda create -n r-reticulate
2. 使用参数从 R-studio 控制台安装 tensorflow： install_tensorflow(method = 'conda', envname = 'r-reticulate')
3. 装入网状包 library(reticulate)
4. 在 R-studio 中激活 conda 环境 use_condaenv('r-reticulate')
5. 加载 tensorflow 库 library(tensorflow)
6. 检查 tensorflow 是否处于活动状态 tf$constant("Hellow Tensorflow")

参考 ：

• https://tensorflow.rstudio.com/installation/
• https://rstudio.github.io/reticulate/