在 Google Colab 中安装 RDKit

Question

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我一直在使用以下代码片段在 Google Colab 中安装 RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

然而，今天我开始收到以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的 Anaconda 发行版而不是 Miniconda，并将 python 版本更改为 3.6 和 3.8，但似乎没有任何效果。

Answer 1

我认为你需要在安装Miniconda时指定python 3.7（当前的rdkit构建支持python 3.7），最新的Miniconda版本是py3.8：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing