如何将 Rmarkdown 文件转换为可用的 Latex 文件

Question

我写了一篇手稿，我想提交给 Rmarkdown 的期刊。该杂志接受 word 和 latex 文件，所以我正在寻找一种方法来.tex从我的.Rmd文件中生成一个工作文件。

我已经阅读了一些暗示这是可能的帖子（例如，如何在 R markdown 中生成没有前导码的 LaTeX 文件？），这让我有所收获，但我仍然遇到问题。

例如，使用上面帖子中提到的方法，我可以将测试.Rmd转换为具有.tex文件类型的内容。这是测试 Rmarkdown（只是新文件的常用模板）：

---
title: "Test document"
author: "Me"
date: "23 7 2020"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

这可以很好地编译为 PDF。然后，在控制台中我运行：

knitr::knit("test.Rmd")

得到降价的文件test.md在我的工作目录，然后我可以在此显然转换.md文件.tex与

rmarkdown::pandoc_convert("test.md", to = "latex", output = "test.tex")

这会生成一个.tex文件，当我双击它时，会弹出一个看起来不错的文件的 PDF 视图。看看这个文件，它是不完整的，或者至少对我来说是陌生的：

\hypertarget{r-markdown}{%
\subsection{R Markdown}\label{r-markdown}}

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax
for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on
using R Markdown see \url{http://rmarkdown.rstudio.com}.

When you click the \textbf{Knit} button a document will be generated
that includes both content as well as the output of any embedded R code
chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

\begin{Shaded}
\begin{Highlighting}[]
\KeywordTok{summary}\NormalTok{(cars)}
\end{Highlighting}
\end{Shaded}

\begin{verbatim}
##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00
\end{verbatim}

\hypertarget{including-plots}{%
\subsection{Including Plots}\label{including-plots}}

You can also embed plots, for example:

\begin{figure}
\centering
\includegraphics{figure/pressure-1.png}
\caption{plot of chunk pressure}
\end{figure}

Note that the \texttt{echo\ =\ FALSE} parameter was added to the code
chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

据我所知，它缺少序言，\begin{document}, \end{document}，而且我不知道hypertarget部分标题中发生了什么。不出所料，当我在 MiKTeX 中运行时它不会“重新编译”。不过verbatim，代码块的位看起来正是我所追求的。

那么，有没有办法生成一个从.tex文件编译出来的.Rmd文件？还是我必须手动编写序言之类的？如果我的问题的答案是“阅读 pandoc”，那么很公平，我将不得不咬紧牙关，最后看看它。但是我发现很难想象在 Rmarkdown 中没有好的（简单的）方法来准备可提交的手稿。

Answer 1

Pandoc 默认生成 LaTeX 片段，即不是完整的文档。这可以通过使用以下选项调用 pandoc 来更改--standalone：

rmarkdown::pandoc_convert(
  "test.md",
  to = "latex",
  output = "out.tex",
  options = "--standalone"
)

您可以让 R 完成工作并将命令缩短为

render("test.Rmd", output_format = "latex_document")

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