R 4.0.0 之前安装了包“stringr”：请重新安装 BiocManager 安装路径不可写，无法更新包

Question

得到错误 Error : package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it和 BiocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

再往前走 rstudio 给了我

/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found

Answer 1

在我的 Linux 机器中从 R 3.6 升级到 4.0 时，我遇到了类似的问题。我也在回答这个问题，因为这个问题是谷歌在寻找这个问题时给出的第一个结果之一。事实证明，即使删除了 R（apt purge），系统中仍有一个文件夹会为以后的安装带来很多问题。我想链接这里给出的伟大答案并救了我：https : //askubuntu.com/questions/1219737/installing-ggplot2-for-r-3-6-on-ubuntu-18-04

在 Linux 系统中，您应该查看：

$ ls /usr/local/lib/R/site-library

如果文件夹有目录列表，您应该删除所有内容：

sudo rm -Rf /usr/local/lib/R/site-library

然后重新安装 R 和所有库。

Answer 2

这是关于如何修复这些错误的一个很长的答案，但我认为这是必要的，并且还包含提示和技巧（例如，现在不要安装 R 4.0.2（2020 年 7 月 25 日））。这给我带来了很多痛苦，因为我在途中遇到了更多错误。\nError : package \xe2\x80\x98stringr\xe2\x80\x99 was installed before R 4.0.0: please re-install it和 BiocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

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我删除了我的主文件夹中的 .RData （不可见，使用ls -la）这解决了我在 R 4.0.0 之前安装的错误问题，但没有解决我的生物导体问题。我认为如果您只遇到重新安装错误，它可能会起作用。

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经过多次尝试加载我的包但只收到这些错误后，我选择重新安装 R。在 R 中，我运行.libpaths并删除了每个目录中的所有文件。然后，我通过从https://www.r-project.org/下载 R 来重新安装 R ，并在下载的文件夹中运行常规编译命令./configure --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack make sudo make install。rstudio 需要 --enable-R-shlib 才能使用 R，但其他则不需要。

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2020年7月25日，我尝试在ubuntu上从apt安装，但rstudio无法找到libR.so（错误/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found）。我尝试从源代码 R 4.0.2 进行编译，这./configure --enable-R-shlib应该生成 libR.so 但这返回了错误。

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我认为这是一个根本问题，因为./configure --enable-R-shlib使用 R 4.0.0 从源代码运行编译，我得到了文件并打开了 Rstudio（请修复 R 4.0.2 和随后的 apt）。

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然后我跑了将军

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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))\n  install.packages("BiocManager")\nBiocManager::install(version = "3.11")\n

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安装biocmanager，终于成功了。

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