测量R中的功能执行时间

Question

测量执行时间的R是否有标准化的方法？

显然我可以system.time在执行之前和之后采取,然后采取其中的差异,但我想知道是否有一些标准化的方式或功能(想要不发明轮子).

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我似乎记得我曾经使用过如下的东西:

somesysfunction("myfunction(with,arguments)")
> Start time : 2001-01-01 00:00:00  # output of somesysfunction
> "Result" "of" "myfunction"        # output of myfunction
> End time : 2001-01-01 00:00:10    # output of somesysfunction
> Total Execution time : 10 seconds # output of somesysfunction

Answer 1

另一种可能的方法是使用Sys.time():

start.time <- Sys.time()
...Relevent codes...
end.time <- Sys.time()
time.taken <- end.time - start.time
time.taken

与上面的回答相比,这不是最优雅的方式,但绝对是一种方法.

Answer 2

内置函数system.time()将执行此操作.

使用如下: system.time(result <- myfunction(with, arguments))

Answer 3

正如安德里所说,system.time()工作正常.对于简短的功能,我更喜欢放入replicate()它:

system.time( replicate(10000, myfunction(with,arguments) ) )

Answer 4

测量执行时间的一种更好的方法是使用rbenchmark软件包.这个包(轻松)允许您指定复制测试的次数,相对基准应该是多少.

另请参阅stats.stackexchange中的相关问题

Answer 5

还有 proc.time()

你可以使用相同的方式,Sys.time但它会给你一个类似的结果system.time.

ptm <- proc.time()
#your function here
proc.time() - ptm

使用的主要区别

system.time({ #your function here })

是这个proc.time()方法仍然执行你的功能,而不仅仅是测量时间......顺便说一句,我喜欢在里面使用system.time,{}所以你可以放一套东西......

Answer 6

microbenchmark 是一个轻量级(~50kB)的包,在R中或多或少是标准方式,用于对多个表达式和函数进行基准测试:

microbenchmark(myfunction(with,arguments))

例如:

> microbenchmark::microbenchmark(log10(5), log(5)/log(10), times = 10000)
Unit: nanoseconds
           expr min lq    mean median uq   max neval cld
       log10(5)   0  0 25.5738      0  1 10265 10000   a
 log(5)/log(10)   0  0 28.1838      0  1 10265 10000

这两个表达式都被评估了10000次,平均执行时间约为25-30 ns.

Answer 7

"tictoc"软件包为您提供了一种非常简单的测量执行时间的方法.文档位于:https://cran.fhcrc.org/web/packages/tictoc/tictoc.pdf.

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
toc()

要将经过的时间保存到变量中,您可以执行以下操作:

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
exectime <- toc()
exectime <- exectime$toc - exectime$tic

Answer 8

虽然其他解决方案对单个函数很有用,但我推荐以下一段更通用和有效的代码:

Rprof ( tf <- "log.log",  memory.profiling = TRUE )
your code must be in between
Rprof ( NULL ) ; print ( summaryRprof ( tf )  )

Answer 9

您可以使用MATLAB式tic- toc的功能,如果你喜欢.看到这个其他的问题

R中的秒表功能

Answer 10

另一个简单但非常强大的方法是使用该包profvis.它不仅可以测量代码的执行时间,还可以深入了解您执行的每个函数.它也可以用于Shiny.

library(profvis)

profvis({
  #your code here
})

点击这里查看一些例子.

Answer 11

您可以使用Sys.time()。但是，当您在表或 csv 文件中记录时差时，不能简单地说end - start。相反，您应该定义单位：

f_name <- function (args*){
start <- Sys.time()
""" You codes here """
end <- Sys.time()
total_time <- as.numeric (end - start, units = "mins") # or secs ... 
}

然后你就可以使用total_time它具有正确的格式。