如何使用来自littler的install2.r从bioconductor安装？

Question

我正在尝试使用https://cran.r-project.org/web/packages/littler/vignettes/littler-examples.html#install2r:_With_Cmdline_Parsing来安装一些软件包，期间出现错误dependency 'graph' is not available。看来这个包可以从 Bioconductor 项目（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/graph.html）获得，但我不知道如何使用install2.r.

那么，具体如何使用安装bioconductor包install2.r？

Answer 1

你不能，因为 BioConductor 使用不同的存储库结构。

但因为这是一个很常见的问题，所以我最近添加了一个installBioc.r您使用的帮助程序脚本。要使用它，首先要做

 install.r littler BiocManager

确保我们拥有当前littler版本以及BiocManager我们需要的 BioC 包。然后使用例如

  /usr/local/lib/R/site-library/littler/examples/installBioc.r S4Vectors

它将关闭并安装BiocVersion，S4Vectors以及依赖项BiocGenerics。