绘制具有弯曲边缘的拓扑有序图

Question

我正在尝试使用 python 中的networks.draw() 函数绘制图形。尽管它不是有向图，但我的图的边缘按拓扑排序顺序排列。我想打印看起来像依赖 DAG 的图表以获得更好的可见性。目标是这样的：

我该怎么做？

Answer 1

使用如下示例边列表，并构建无向图：

edges = [[1,3], [1,4], [1,5], [5,7], [5,8] ,[5,9],
         [9,11], [9,12], [9,13], [2,4], [6,8] ,[10,12]]

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(edges)

我们可以使用节点名称来定义一个字典，将节点名称映射到一条线，其中x坐标与节点名称相同。现在，获得具有弯曲边缘的精美布局是棘手的部分。虽然这是必要的，但否则边缘会相互重叠。这可以使用 来完成matplotlib.axes.Axes.annotate。

请注意，我假设源位于偶数节点号的边具有正符号弧，否则为负弧，如果情况并非如此，则应该足够简单以适应：

pos = {node:(node,0) for node in G.nodes()}

plt.figure(figsize=(15,5))
ax = plt.gca()
for edge in edges:
    source, target = edge
    rad = 0.8
    rad = rad if source%2 else -rad
    ax.annotate("",
                xy=pos[source],
                xytext=pos[target],
                arrowprops=dict(arrowstyle="-", color="black",
                                connectionstyle=f"arc3,rad={rad}",
                                alpha=0.6,
                                linewidth=1.5))
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos, node_size=500, node_color='black')
nx.draw_networkx_labels(G, pos=pos, font_color='white')
plt.box(False)
plt.show()