错误信息：max 没有非缺失的参数；返回 -Inf

Question

我试图确定密度图的半高处的宽度，我在上一篇文章中找到了以下代码：

  d <- ggplot(A0, aes(DIAMETER)) +
  geom_density()

xmax <- d$x[d$y==max(d$y, na.rm = TRUE)]
x1 <- d$x[d$x < xmax][which.min(abs(d$y[d$x < xmax]-max(d$y)/2))]
x2 <- d$x[d$x > xmax][which.min(abs(d$y[d$x > xmax]-max(d$y)/2))]
FWHM <- x2-x1

当我执行它时，虽然我收到以下与函数 max() 相关的错误消息

Warning message:
In max(d$y, na.rm = TRUE) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

我环顾四周，发现这可能是由于我的数据集中存在 NA 值，但事实并非如此（下面的数据框结构）..有人知道我如何解决这个问题吗？提前致谢！

str(A0)
Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   387 obs. of  3 variables:
 $ SAMPLE  : Factor w/ 5 levels "A","B","C","D",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ TIME    : Factor w/ 3 levels "0","24","72": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ DIAMETER: num  13.57 3.76 10.67 14.74 4.2 ...

Answer 1

我认为您可能误解了您找到的代码。一个ggplot对象根本没有一个叫做成员y。假设我们制作这样的密度图：

library(ggplot2)

set.seed(69)
d <- ggplot(data = data.frame(x = rnorm(100)), aes(x)) + geom_density()
d

我们可以像这样复制您的错误：

xmax <- d$x[d$y==max(d$y, na.rm = TRUE)]
#> Warning message:
#> In max(d$y, na.rm = TRUE) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

如果我们尝试查看，d$y我们会得到：

d$y
#> NULL

如果您想使用绘图中的基础数据，则需要使用ggbuild，如下所示：

p <- ggplot_build(d)

现在p包含一个数据框列表，每个绘图层一个，所以在我们的例子中我们可以这样做：

df <- p$data[[1]]

现在df是一个包含我们x和y坐标的数据框，因此我们可以运行您的算法

xmax <- df$x[df$y==max(df$y, na.rm = TRUE)]
x1 <- df$x[df$x < xmax][which.min(abs(df$y[df$x < xmax]-max(df$y)/2))]
x2 <- df$x[df$x > xmax][which.min(abs(df$y[df$x > xmax]-max(df$y)/2))]
FWHM <- x2-x1

FWHM
#> [1] 2.100466

通过在最大高度的一半处绘制 x1 和 x2 值之间的线段，我们可以看到这个计算是正确的：

 d + geom_segment(aes(x = x1, xend = x2, y = max(df$y)/2, yend = max(df$y)/2), 
                  linetype = 2, colour = "red")